כתוב בתורה (ויקרא כא טו): וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה. וקבלו חז"ל (במסכת מנחות דף סה:) שפירוש "ממחרת השבת" הוא מחרת יום טוב הראשון של פסח שהוא יום שבתון (ואליו הכוונה במילים "ממחרת השבת", ממחרת ליום ראשון של פסח שהוא יום שבתון, לכן מיד במוצאי יום טוב ראשון של פסח אחרי תפילת ערבית מתחילים לספור ספירת העומר). ומצות עשה מן התורה לספור ספירת העומר החל מליל ט"ז בניסן עד גמר שבעה שבועות שהם ארבעים ותשעה ימים.
ומכל מקום הואיל ונאמר (דברים טז ט): שבעה שבועות תספר לך "מהחל חרמש בקמה" תחל לספור שבעה שבועות, דהיינו משעת קצירת העומר, ובזמן הזה שבית המקדש חרב אין לנו קצירת העומר ולא קרבן העומר, לכן אין מצות ספירת העומר בזמן הזה אלא מדברי סופרים זכר למקדש.
ולכן בנוסח "לשם יחוד" שנוהגים לומר קודם ספירת העומר נכון להשמיט ממנו מה שאומרים "כמו שכתוב בתורה וספרתם לכם וכו´" שהרי מצות ספירת העומר אינה מן התורה. (ואף שבאמת לדעת הרמב"ם והראבי"ה אין שיכות בין מצות ספירת העומר לקצירת העומר, ולדעתם מצות ספירת העומר מן התורה אף בזמן זה, מכל מקום אין אנו פוסקים כדבריהם" אלא כדעת מרן השלחן ערוך שקבלנו הוראותיו, שפסק שספירת העומר מדרבנן, שכן דעת רב האי גאון והתוספות והרא"ש והעיטור והרשב"א והר"ן ועוד.)
מצות ספירת העומר, היא מצוה בכל יום ויום מימי הספירה, ולכן אנו מברכים עליה בכל יום ויום קודם הספירה. אולם לדעת בעל הלכות גדולות, מי ששכח לספור ספירת העומר יום אחד, שוב אינו יכול להמשיך בספירת העומר, הואיל ואי אפשר לספור בדילוג (שכן הסופר אחד שנים ארבעה אינו סופר נכון, כמו כן השוכח יום אחד, שוב אין לו תקנה והמשך הספירה שלו אינו נחשב לספירה). ואנו נוקטים להלכה, שגם אם שכח יום אחד לספור ספירת העומר, ימשיך עוד בספירת שאר הימים, מכיון וכל יום הוא מצוה בפני עצמה שאינה תלויה בשאר הימים. רק הואיל וכלל גדול בידינו "ספק ברכות להקל", לכן לענין הברכה אנו חוששים לסברת בעל הלכות גדולות. נמצא אם כן מי ששכח יום אחד לספור ספירת העומר, ימשיך בשאר הימים לספור כדרכו, רק מכאן ולהבא אינו מברך על הספירה.
זמן ספירת העומר בלילה, ומכל מקום אם שכח לספור בלילה יספור ביום שאחריו בלי ברכה, ואחר כך יוכל להמשיך לספור בכל לילה ולילה בברכה.
נשים הרוצות לספור ספירת העומר בלי ברכה רשאיות לעשות כן, וענין זה יתבאר עוד בעז"ה.
(באדיבות אתר הלכה יומית)