בית המקדש והר הבית מוזכר רבות בהקשר חשוב מאוד של 'מים'. ירושלים לא רוויה במשקעים ונסמכת הרבה על בורות מים שבקרבה, בתקופת המקדש מקורות המים היו הכרח ובלעדיהם עולי רגלים לא יכלו לעלות ירושלמיה שלוש פעמים בשנה.
אחד מפלאי הר הבית הוא ללא ספק מערכת ההשקיה שלו. בהר הבית פזורים בורות מים רבים הבורות, שמספרם מגיע ל- 49 לפחות, הבורות שונים זה מזה בגודל ובצורה. ומשתרעים במשטח התחתון - בין כיפת הסלע למסגד אל-אקצא , וברחבה שממזרחו.
חלקם חצובים בסלע ואלו הבורות הקודמים ביותר , ועלפי מחקרים סביר להניח שהבורות היו קשורים זה לזה במערכת תעלות , כך שאם בור אחד התמלא , התנקזו המיס לבורות האחרים .
שמונה בורות מצויים במשטח העליון ושבעה סמוך למסגד אל-אקצא. שישה בורות מצויים במערב ההר, שלושה ממזרחו וחמישה מצפון.
הבור הגדול
הבור הגדול ביותר מכל בורות הר הבית, בור מספר 8. המכונה ע"י הערבים בשם "בחר אל כביר" (הים הגדול) הבור מסוגל להכיל עד 12,000 מ"ק מים, וכיום כמו בעבר הוואקף וחבר מרעיו אינם מניחים לנציגי השלטון הישראלי לסייר בבורות המים במתחם המקודש.
אותו בור היה ממונה על אספקת המים לעולי הרגל בשלהי ימי הבית השני:
ויש המייחסים לו את דברי הגמרא:
״מעשה בבתו של נחוניא חופר שיחין שנפלה לבור הגדול ובאו והודיעו לרבי חנינא בן דוסא. שעה ראשונה אמר להם 'שלום' [א"ס: לבתו של נחוניא]. שניה אמר להם 'שלום'. שלישית אמר להם 'עלתה'. אמר לה: 'בתי, מי העלך?'. אמרה לו: 'זכר של רחלים נזדמן לי וזקן מנהיגו' [א"ס: עז שאותה הוביל אדם זקן]. אמרו לו: נביא אתה? אמר להם: לא נביא אנכי ולא בן נביא אנכי אלא דבר שהצדיק מתעסק בו יכשל בו זרעו?!". רבי חנינא בן דוסא הבין שלא ייתכן שמשמיים יגרמו למות בתו של הממונה על אספקת המים לעולי הרגלים דווקא בבור שנועד לספק להם מים, וממילא הבין שהיא בריאה ושלמה.
בספר 'הבית' של ארנן סגל כתב:
שעל פי הארכיאולוג לין ריטמאייר, בור מס' 8 הוא גם אחד ממקורות אבני הבניין שמהם נחצבו אבני המקדש, שלאחר מכן — בימי הבית — שימש לצד בור מספר 7 הצמוד אליו כמאגר מים עצום עבור עולי הרגלים. לדעת ריטמאייר, רוב הבורות הגדולים בהר היו בתחילה מחצבות תת־קרקעיות שמהן ניטלו אבני בנייה לצורך מבני הר הבית הקדומים, ולאחר שפעילות החציבה הופסקה הבורות טויחו והפכו למאגרי מים.
את הציור של בור זה — מאת הצייר אנגלי בשם ויליאם סימפסון בשנת 1872 איורי בן המאה ה־ 19 שירד הצייר בעצמו אל הבור עם אבוקות כדי לתעד אותו.
התמונה העכשווית צולמה מעל פני הקרקע אולם בדיוק מעל אותה נקודה ובאותה זווית שבהן ניצב סימפסון בתוך הבור. אפשר להבחין בה בפתחי הבור שמהם נכנס אליו אור בציורו של סימפסון.