ראש הישיבה הגאון רבי דב לנדו, פתח את ההכנות ליום הכיפורים, בעשיית מנהג כפרות - לפנות בוקר בערב יום הכיפורים.
במהלך היום - ערב יום הכיפורים, העתיר על אלפי תורמים לקופות השונות וכן על אלפי קויטלאך ששלחו למעונו מעוכבי זיווג ומחוסרי פרי בטן.
עם כניסת החג - בתפילת כל נדרי, התפלל ראש הישיבה את התפילה בישיבת סלבודקא, כאשר לפני העמוד עובר הגאון רבי משה ליזרזון ומימינו עומד הגר"ד לנדו ומשמאלו ראש הישיבה הגרמ"ה הירש.
ראש הישיבה הגר"ד לנדו קיבל את עליית שלישי וראש הישיבה הגרמ"ה הירש את עליית מפטיר בתפילת שחרית של יום הכיפורים.
במהלך יום הכיפורים אמר ראש הישיבה הגר"ד לנדו מספר פעמים לתלמידים שהגיעו לבקש את ברכתו, כשהם עצובים ומדוכדכים: "צריך להיות בשמחה, ואנו בטוחים שהקב"ה ימחל לנו בדין".
לפני תפילת נעילה העתיר על רבבות תורמי הקופות השונות. לאחר נעילה, נסע הגר"ד עם מקורבו הרב אליהו גולדמן לביתו הנמצא בסמוך, כאשר המונים צבאו על דלתות הבית כדי לקבל את ברכתו לשנה החדשה.