הרב הצבאי הראשי תת-אלוף רפי פרץ יינזף פיקודית על ידי הרמטכ"ל רב-אלוף גדי איזנקוט, בשל החלטתו להעלות בשכרו של ראש מחלקת ביטחון מידע בצה"ל.
ההחלטה התקבלה לאחר שהרב פרץ החליט על דעת עצמו להעניק שכר גבוה משמעותית לאלוף-משנה א' שכיהן כראש המטה שלו, במקביל לתפקידו במחלקת ביטחון מידע.
על פי הדיווח בחדשות 2, שכר שקיבל ראש המטה זהה לשכר רב עיר, ולפי צה"ל, הבעיה היא שראש המטה אינו רב פיקודי ולכן היה אמור לקבל שכר נמוך בהרבה משקיבל שלא כדין.
ראש המטה הוכשר והוסמך ברדגה של רב פיקוד אך לא שימש בתפקיד זה ולכן עליו היה להשתכר בסכום אחר. לאור זאת הוא ייאלץ להשיב עשרות אלפי שקלים למדינה.
בעקבות המידע שקיבל הרמטכ"ל, מונה ראש אג"ת לשעבר, אלוף במיל' נמרוד שפר, לבחון את הנושא.
בלי קשר למקרה המדובר, הרב הצבאי הראשי צפוי לסיים את תפקידו בחודשים הקרובים יחד עם ראש מטהו, כשברקע יחסים קשים עם לא מעט רבנים צבאים חרדים שלא קודמו בתפקידיהם בעקבות החלטתו של פרץ.