החל משנת 1987 מפעיל המשטר הסורי את בית הכלא "סיידנאיא", ל"טיפול מיוחד" באזרחים סוררים כגון אנשי אופוזיציה, כאשר בכל שנות פעילות הכלא עד לנפילתו אמש (שבת) בלילה, נכלאו במקום עשרות אלפי אזרחים, כאשר חלקם גם סיים שם את חייו.
בתיעודים שנפוצו מהמקום לאחר השתלטות המורדים, נראים מחזות מזוויעים מתוך בית הכלא; ילדים קטנים שהיו כלואים במקום, חבלי תלייה ושאר אמצעי עינויים שאין הנפש סובלתן.
כלא סיידנאיא נבנה בעיצוב ייחודי, המשקף את רצונו של המשטר לבצר אותו כדי למנוע כל ניסיון מרד בתוכו. הכלא מורכב משלושה מבנים עיקריים (A, B, C), המעוצבים בצורת לוגו "מרצדס", ומצטלבים בנקודה מרכזית המכונה "המשושה", שהוא האזור המבוצר ביותר, שבו התאים הבודדים. תאי האסירים כפופים למעקב הדוק מסביב לשעון. מטרת הצעדים הללו היא למנוע מהאסירים ללמוד פרטים על מבנה הכלא או אפילו לראות את פניהם של הסוהרים.
לכל מבנה בכלא שלוש קומות, וכל קומה כוללת שני אגפים, שבכל אחד מהם עשרים מעונות קבוצתיים באורך שמונה מטרים ושישה מטרים רוחב. מעונות אלו מסודרים הרחק מחלונות, וכל ארבעה מעונות חולקים נקודת אוורור אחת. הקומה הראשונה של כל בניין מכילה מאה תאים בודדים.
בנוסף, יש את בניין המנהלה הצמוד לבניינים א' ו-ב'. על פי הערכות של מרכז המעקב הסורי לזכויות אדם, כמעט 30,000 עצורים מתו בתוך הכלא הזה מאז פרוץ המהפכה הסורית, כתוצאה מעינויים, התעללות והוצאות להורג המוניות.
ארגון זכויות האדם "אמנסטי אינטרנשיונל" פרסם בפברואר 2017 דו"ח על הכלא שמכונה "בית המטבחיים". על פי הדו"ח, בין 20 ל50 בני אדם נתלו מדי שבוע בכלא סיידנאיא בהוראת בכירי המשטר הסורי, בהם סגניו של הנשיא אסד, בשנים 2011 עד 2015. מי שהוציא לפועל את התלייה ההמונית הייתה המשטרה הצבאית הסורית.
בדו"ח של אמנסטי נכתב כי ההרג ההמוני בבית הסוהר הסורי היה "קמפיין מחושב של הוצאה להורג ללא משפט". ארגון זכויות האדם תיעד קרוב ל-35 שיטות שונות של עינויים בסוריה מאז סוף שנות השמונים, ולדברי לי מעאלוף, סגנית מנהלת מחקר בסניף אמנסטי בביירות, פרקטיקות אלה רשמו עלייה גדולה מאז 2011.
בנוסף, על פי פרסום של משרד החוץ האמריקאי, נבנתה שם משרפה המשמשת לשריפת גופות המוצאים להורג, במטרה להעלים את הראיות להוצאות להורג ההמוניות בכלא
ב2017, האשימה מחלקת המדינה האמריקנית את המשטר הסורי ברצח של אלפי אסירים - ובשריפת גופותיהם במשרפה גדולה בפרברי דמשק. סטיוארט ג'ונס, נציג מחלקת המדינה ודיפלומט בכיר לענייני המזרח התיכון, אמר בתדרוך לעיתונאים ש-50 אסירים מתנגדי משטר נתלים מדי יום בכלא הצבאי סיידנאייא, שרחוק 45 דקות מדמשק.
"מקורות אמינים טוענים שהרבה מהגופות הושלכו לקברי המונים", אמר ג'ונס, והוסיף שהצבא הסורי בנה משרפה במטרה לשטשט את היקף הזוועות. "להערכתנו המשטר הסורי הקים משרפה במתחם הכלא, כדי להיפטר מהגופות עם מעט ראיות".