הלוויתו בעלת הקול של הגאון התנא רבי יוחנן בן זכאי הייתה מבויימת. כך הודלף לכתבנו על ידי אחד מבכירי הפרושים הקרובים אל רבי יוחנן.
לדברי אותו גורם בכיר שעות ספורות לאחר "הלוויתו" המתוקשרת של הגר"י שתוארה בעל ידי כותבי האגרות כמרתקת ודרמאטית, נפגש הרב בן זכאי עם רמטכ"ל הרומאים גנרל אספסייאנוס. בפתח הפגישה כינה התנא את אספסיינוס בתואר "מלך". אספסיינוס הביע פליאה ואמר כי זוהי מרידה ואף רימז כי יכול היה להרוג את רבנו.
בתגובה ענה הגר"י לפליאת הנוכחים כי אכן המלכות תימסר לו. כידוע, המופתים הרבים הוכיחו כי אין דבר היוצא מפי הצדיק שב ריקם. במהלך הפגישה ביקש מאספסיינוס צוות רפואי שירפא את רבי צדוק, ושמירה על יבנה וחכמיה. "תן לי יבנה וחכמיה", ביקש הגר"י. כמו כן בקשה נוספת הקשורה בשושלת רבן גמליאל נאסרה לפרסום בשל שמירה על הדמויות הקשורות אליה, מפני התפרעות הסיקריקים הטוענים כי זוהי כניעה לרומיים.
כאמור, חשיפת הפרשה הינה בידי מקור אמין ופרטיה שדלפו עוררו תגובות נזעמות בקרב אנשי הימין הקיצוני ה"סיקריקים", כנגד מנהיגם. כידוע, בשל העובדה שלא ניתן לצאת מן העיר עקב שמירת בריוני סיקרא המפחדים מכניעה של אנשי העיר, לא יכל הגריב"ז לצאת מחשש שאלו יתנכלו לו. יש מי שטוען כי רבן יוחנן נפגש עם אבא סיקרא שהינו בן אחותו והלה ייעץ לו לביים את ההלוויה וכך לצאת בשלום מירושלם הנצורה בידי אנשיו.
גורמים יודעי דבר מספרים כי במהלך הפגישה המקדימה פלט אבא סיקרא ואמר לדודו הגדול כי "אם אנסה לבלום אותם, הם ירצחו אפילו אותי". דבר זה מסביר את ההתנהלות התמוהה של סיקרא בהלוויתו של הגריב"ז, כאשר במקום לצוות על אנשיו - שחשדו בתרמית וביקשו בדיקה - לא לדקור את המיטה כרצונם, שיכנע אותם בתואנה שהדבר יגרום לרומאים להשפיל את ישראל בטענה ש"אפילו רבן דקרו".
סיפוק רב הובע בירושלים על תוצאות הפגישה. תלמידי החכמים שבעיר אמרו כי גדלותו של רבי יוחנן היא זו ששומרת על התורה שלא תשתכח מישראל למרות המצב המתוח והמר. "זוהי דעת תורה ויש לשמור קודם כל על התורה על פני כוח פוליטי", אמרו.