מאות מזוזות שנתרמו ליחידות שונות בצה"ל נמצאו כפסולות או כשרות בדיעבד בלבד. וברבנות הצבאית מנעו את הפצתם ליחידות השונות.
ל'כיכר השבת' נודע כי, רב חטיבת גבעתי סרן הרב דניאל קינד, קיבל פנייה מתורם לתרומה של מאות מזוזות. הרב קינד הפנה אותם לבדיקה במכון הסת''ם של הרבנות הצבאית לצורך בדיקה ואישור. בבדיקה של מכון הסת"ם התגלה אחוז גבוה של מזוזות פסולות. והפצת המזוזות נעצרה.
מכון הסת"ם של הרבנות הצבאית, נמצא בפיקוח הלכתי של גדולי מורי ההוראה בתחום הסת"ם המשמשים כפוסקים בשאלות בתחום. בראש המדור עומד סרן הרב אלחנן מנצור ראש מדור מכון הסת"ם ברבנות הצבאית, והחיילים העוסקים בתחום מחזקים בתעודת סופרים ומגיהים מטעם מכון 'משמרת סת"ם', ומכון 'יד רפאל'.
המכון מופקד על כשרותם של אלפי ספרי התורה הנמצאים ביחידות צה"ל השונות. לצד טיפול בכשרות המזוזות והתפילין המסופקים ליחידות צה"ל ומשרד הביטחון. המכון העלה את כשרות הסת"ם לסטנדרטים גבוהים ומחמירים. והוא נעזר באמצעים טכנולוגים שונים לטיפול בספרי התורה.
ברבנות הצבאית מציינים, כי אין זו הפעם הראשונה שנחשף כי תרומות תשמישי קדושה שהועברו לצבא נמצאו ברמת כשרות נמוכה, או כלא כשרים כלל. בהוראת הרבצ"ר, תא"ל הרב איל קרים הציבו ברבנות הצבאית רף הלכתי גבוה לכשרות תשמישי הקדושה. הקפדה על ההנחיות מאפשרת בין היתר רף הלכתי אחיד בצבא בין כלל החיילים או במוטו של חיל הרבנות הצבאית 'לכולן מגיע מהדרין'. זו הסיבה שתרומות ציציות שהגיעו לצבא מקהילות בחו"ל נעצרו על ידי הרבנים הצבאיים, כאשר התברר כי קיימות בעיות כשרות בציציות. כזכור, הרבנות הצבאית מפעילה בית הוראה המורכב מרבנים צבאיים תלמידי חכמים שזכו לשמש את גדולי מורי ההוראה שליט"א והם נותנים מענה הלכתי בסוגיות שונות לרבות נושא תרומות תשמישי קדושה.