במסגרת המבצע הצבאי שנפתח הלילה (בין ראשון לשני) בג'נין, תקפו כוחות הביטחון מפקדה המהווה את החמ"ל המאוחד של הפלגים במחנה הפליטים ופעילי "גדוד ג'נין".
המפקדה שימשה בנוסף כחמ"ל תצפית, כמקום התכנסות של מחבלים חמושים לפני ואחרי פעילות טרור, כאזור התחמשות בנשקים ומטענים וכמרכז הקשר והתקשורת של הפעילים.
בנוסף, המפקדה שימשה מחסה לפעילים מבוקשים על רקע ביצוע הפיגועים בחודשים האחרונים בגזרה.
מדובר באחד מיעדי המבצע שהושגו בתוך זמן קצר, כאשר צה"ל הפציץ את המקום מהאוויר.
המפקדה שכנה בג'נין צמוד למתקן של אונר"א - סוכנות הסעד והתעסוקה של האו"ם, העוסקת במתן שירותים לפליטים פלסטינים, וליד בית ספר.