שעות אחרי התקיפה החריגה של צה"ל במחנה הפליטים בג'נין, פרטים חדשים מתבהרים: לכל אורך פעולת כוחות הביטחון בג'נין חגו באוויר מל"טים, שהיו דרוכים למתן סיוע אם יהיה צורך בכזה.
המידע על חוליית המחבלים השוהה בג'נין התקבל זמן קצר ממש לפני השעה שבע בבוקר, אז נכנסו הכוחות אל מחנה הפליטים. ההתארגנות הייתה זריזה ומהירה מאוד.
עוד נודע כי הפיגוע שתכננה להוציא לפועל חוליית המחבלים וסוכל, היה אמור להיות לפי תכנון הוגיו פיגוע משמעותי בשילוב מטעני נפץ בתוך שטח ישראל.
דקה אחרי דקה
המבצע הענק והבלתי שגרתי התרחש הבוקר, כפי שדווח ב'כיכר השבת' בהרחבה, כאשר כוחות גדולים של צבא, שב"כ ומג"ב נכנסו לג'נין לבצע מעצרים של מספר מבוקשים שתכננו פיגוע ענק בישראל.
הכוחות פעלו במספר דרכים מגוונות ויצירתיות, חלק מהלוחמים נכנסו לג'נין במשאית המובילה חלב, וחלק מהלוחמים פוצצו מטעני חבלה דרך דירות מסתור שהוכנו מראש. בתום כארבע שעות של פעילות אינטנסיבית שכללה קרב יריות בלתי פוסק, יצאו הכוחות מג'נין, לאחר שהשיגו את מבוקשם.
07:00: נכנסו כוחות מסתערבים של הימ"מ בתוך משאית קירור של חלב ללב הקסבה של ג’נין, היעד: דירת מסתור שם לפי המידע שהשב"כ העביר, יש חולית מחבלים שמתכננים בטווח זמן המידי פיגוע בתוך ערי ישראל.
07:15: הכוחות פורקים ממשאית החלב לעבר היעד, תוך כדי הפריקה - נפתחת אש חיה לעבר הכוח של הימ"מ וכוח מיוחד של שב"כ. בשלב זה, כוחות צבא רבים נכנסים למקום, שם מתנהלים חילופי אש עם המבוקשים בדירה.
7:30 הכוחות מתחילים להפעיל "סיר לחץ" על הבית, ומבצעים ירי נ"ט לעבר הדירה ומפילים את חפ"ק מכירות הדירה, כשבחוץ מאות פלסטינים מתפרעים ויורים לעבר הכוחות ומיידים אבנים, במשך שלוש שעות נערכו עימותים בין כוחות הבטחון במקום לבין מאות מחבלים.
10:30 סיום הפעילות בג’נין הכוחות מתחילים לצאת
בהודעה משותפת מטעם ארגוני הביטחון נאמר: "המבוקשים שחוסלו, פעילי גא"פ המעורבים בעת האחרונה בפעילות טרור ענפה, חשודים בביצוע מספר פיגועי ירי לעבר כוחות צה"ל ותכנון של פיגועים משמעותיים נוספים. במהלך פעילות הלוחמים לכיתור המבנה בו שהו המבוקשים, זוהו שני מבוקשים חמושים אשר ברחו מן המבנה. הכוחות ירו לעברם ונטרלו אותם".
עוד נכתב: "אחד המבוקשים ששהה במבנה הסגיר את עצמו לכוחות במקום. כמו כן, כוחות הנדסה נכנסו למבנה כדי לפוצץ שני מטענים אשר שימשו את המבוקשים. במקום היה מבוקש רביעי חמוש שנוטרל גם הוא על ידי הלוחמים. במהלך ניסיון המעצר בוצע ירי לעבר כוחותינו אשר השיבו אש לעבר החמושים. זוהו פגיעות במספר חמושים. נבדקות טענות על הרוגים נוספים כתוצאה מחילופי הירי. אין נפגעים לכוחותינו. הפעילות בוצעה בעקבות מידע מודיעיני ממוקד של שב״כ אשר הוביל את כוחות הלוחמים של הימ״מ, מג"ב, צה"ל ושב״כ לדירת מסתור במחנה הפליטים ג׳נין בה הסתתרו המבוקשים".
בזמן שהכוחות היו ב"שדה הקרב", דובר חמאס הוציא הודעת גינוי חריפה ואמר כי חמאס והג'יאהד האיסלמי ייערכו ישיבת חירום, בה יחליטו על הצעדים המתבקשים לנוכח האירוע בג'נין.
גורמים מדיניים בישראל לא התייחסו בזלזול להצהרות ולכן נערכים להסלמה ביטחונית שתגיע בעיקר מצד דרום, כאשר החשש הוא שחמאס יתחיל לשגר רקטות לעבר שטחה של מדינת ישראל.
ראש הממשלה הפלסטיני מוחמד אשתייה קרא לקהילה הבינלאומית להתערב. "אנו קוראים לאו"ם ולכל ארגוני זכויות האדם הבינלאומיים להתערב בדחיפות כדי לספק הגנה לעמנו ולעצור את שפיכות הדמים שילדים, צעירים ונשים חווים".
יו"ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן טעו: "חיילי צבא הכיבוש מבצעים טבח בג'נין והעולם שותק".
נביל אבו רדינה, דוברו של יו"ר הרשות הפלסטינית אבו מאזן, הודיע על ביטול התיאום הביטחוני עם ישראל. "אין יותר תיאום ביטחוני עם ממשלת הכיבוש. ההנהגה החליטה ללכת למועצת הביטחון כדי ליישם את ההחלטה להגן על העם הפלסטיני ניגש לבית הדין הבינלאומי ונוסיף תיק על הטבח בג'נין. אבו מאזן קורא לכל הכוחות הפלסטיניים להיפגש ולהסכים על חזון לאומי, כולל להתעמת עם התוקפנות הישראלית".
מושל ג'נין קרא גם כן לסיוע בינלאומי ואמר: "הפשיטה בג'נין היא הגדולה והענפה והמצב קשה ומסוכן, אנו קוראים לקהילה הבינלאומית להתערב על מנת להגן על האזרחים, ולאפשר לצוות הרפואי לבצע את עבודתם בחילוץ הפצועים".
עוזרת מזכיר המדינה האמריקני לענייני המזרח התיכון, ברברה ליף, אמרה כי ארה"ב ביקשה הסברים מישראל על הפשיטה בג'נין שבה נהרגו לפחות עשרה פלסטינים. עוד היא אמרה, כי הפסקת התיאום הביטחוני בין הרשות הפלסטינית לישראל, כפי שהודיע מוקדם יותר דוברו של אבו מאזן, היא "החלטה לא נכונה".