בפעם השנייה מאז נכנס לתפקידו, תוארך כהונתו של הרב הראשי הצבאי, תת-אלוף רפי פרץ, לשנה נוספת. כך החליט הרמטכ״ל רב-אלוף גדי איזנקוט.
ההחלטה התקבלה בימים האחרונים, לאחר שכהונתו של פרץ הייתה אמורה להסתיים בחודש הבא, אולם בעצה אחת אתו החליטו השניים על הארכה לשנה נוספת, במהלכה יוכל הרבצ"ר לעזוב את תפקידו.
החלטת איזנקוט הגיעה לאחר שבשנה הקודמת היה זה הרמטכ״ל דאז בני גנץ שהחליט להאריך את כהונתו בשנה נוספת.
בקרב הדרג הבכיר הצבאי זוכה פרץ לאהדה רבה, בשל שינויים שביצע במערך הרבנות הצבאית. אולם בקרב לא מעט קצינים חרדים ברבנות יש כעס על צעדיו השונים. לא ברור עתה כיצד כהונתו תשפיע על יחסו עם אותם קצינים.
לפני תפקידו הנוכחי שימש רפי פרץ, כראש המכינה הקדם צבאית 'עצמונה'. את שירותו הצבאי עשה פרץ בתפקיד טייס מסוקים בחיל האוויר, והוא שימש עד התפקיד הנוכחי כמדריך טיסה בבית הספר לטיסה בחצרים.
את תפקידו החל בחודש יולי 2010, בו סיים הרבצ"ר הקודם אביחי רונצקי את תפקידו. עם מינויו של לתפקיד, הוא כאמור שב לשורות צבא הקבע, והועלה לדרגת תא"ל. עם כניסתו לתפקידו שרר וויכוח מסויים בשל דרישתו לקבל דרגת אלוף אולם בצה״ל סירבו.
פרץ נחשב לאחד הרבנים האהודים ביותר בציונות הדתית, אולם עמדתו הקוראת שלא לסרב פקודה בכל מצב, הביאה עליו גם לא מעט ביקורת, לצד תומכים המצדדים בדעותיו המתונות יחסית.