חרף האזהרות, האיתותים, המכתבים והכותרות - הממשלה אישרה את הקמת ועדת הבדיקה הממשלתית לחקר השימוש ברוגלות המשטרתיות, ובשמה המוכר יותר "ועדת פגסוס".
במהלך הישיבה הדרמטית, נרשם עימות סוער בין בין המשנה ליועמ"שית, גיל לימון, לכמה שרים שהשתתפו בישיבה. ראש הממשלה בנימין נתניהו עצמו, עזב את הדיון, לאחר שקיבל חוות דעת ולפיה, עיסוק של הוועדה בתיקים פתוחים, כמו תיקי נתניהו, יהווה ניגוד עניינים.
לוועדת החקירה יהיו סמכויות חקירה נרחבות והיא תוכל לבדוק לעומק את ההתנהלות של גורמי המשטרה, הפרקליטות ומערכות הפיקוח עליהן, בכל הקשור לשימוש ב"פגסוס".
במשרד המשפטים הסבירו כי הצורך בוועדה החקירה נועד "לחזק את אמון הציבור שנפגע בעקבות פרשת פגסוס, ונוכח הצורך להגן על הזכות לפרטיות מצד אחד, ולתת בידי גורמי האכיפה כלים אפקטיביים למאבק בפשיעה ובשחיתות מצד שני".
כזכור, היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, התנגדה לסמכויות שצפויות להינתן לוועדה - בהם חקירת תיקים שעדיין מתנהלים בבית המשפט או בחקירה, כמו תיקי נתניהו. לוין דחה את ההתנגדות של היועמ"שית בטענה שהיא נמצאת בניגוד עניינים.
גם השב"כ, כך על פי הדיווחים, התנגד לוועדה מחשש שתחשוף אמצעים טכנולוגיים. בכירים במשטרה הזהירו בימים האחרונים אם אם הוועדה תקום, היא תוביל להתפטרויות של שוטרים בחטיבת הסיגינט (הסייבר) המשטרתית.
לדברי גורם במשטרה בשיחה עםלכאן חדשות: "המשטרה ממילא מתפקדת כמעט ללא רוגלות בשיאו של המאבק בפשיעה בחברה הערבית - הוועדה תביא מכה אנושה ליחידת הסיגינט".