שר הביטחון, אביגדור ליברמן, פנה במכתב לרב יגאל לוינשטיין ובו הוא דורש ממנו להתפטר מתפקידיו במכינה ובישיבת ההסדר ומציין כי במידה ולא יעשה כן הוא יפעיל את סמכותו להפסיק את ההכרה של משרד הביטחון בישיבת עלי כישיבת הסדר ויפעל לבטל את הכרתה של עלי כמכינה קדם צבאית.
הסיבה למכתבו של ליברמן היא התבטאויותיו של הרב לוינשטיין נגד נשים המשרתות בצה"ל שעוררו סערה.
"הנני פונה אליך לאחר ששמעתי את דבריך הבוטים בנוגע לשירות נשים בצה"ל, כפי שפורסמו באמצעי התקשורת בשבוע שעבר", כותב ליברמן במכתבו. "כמי שרוחש כבוד והערכה לרבנים, התאכזבתי מאוד הן מהסגנון הבוטה והמזלזל של מי שנחשב לרב מכובד ומוערך והן בשל העובדה שדברים דומים נאמרו על ידך בעבר מספר פעמים גם לגבי קבוצות אחרות מקרב המשרתים בצה"ל ואפילו חזרת בך בטענה שדבריך הוצאו מהקשרם. לעניות דעתי, הדבר מעיד מחד על רצון מכוון להתגרות ולהתסיס ומאידך על אובדן שיקול דעת - אינני יודע מה הגרוע יותר מבין השניים.
"בנימה אישית אני חייב לאמר שדבריך פגעו בי לא רק כשר הביטחון המעריך ומוקיר את הנשים המשרתות בצבא ואת אלו שהקריבו את חייהן במלחמות ישראל, אלא גם כאב גאה שבתו הדתייה שירתה בצה"ל והדבר לא פגע לא באמונתה הדתית או ביהדותה ולא בנשיותה".
ליברמן מוסיף וכותב כי "לגופו של עניין, הדברים שנאמרו על ידך נוגדים באופן מוחלט את ערכי צה"ל ואת ערכיה של מדינת ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. מאז ומתמיד שירתו נשים בצה"ל, תרמו למערכות ישראל וחלקן אף שילמו על-כך בחייהן".
במכתבו, מזכיר ליברמן "3 נשים שמהוות דוגמא ומופת לרוח לחימה והקרבה", רש"ט הדר כהן ז"ל, רב-סמל במיל' קרן טנדלר ז"ל וסרן תמר אריאל ז"ל, וכותב כי "אלו הן רק 3 דוגמאות מתוך 859 חללות צה"ל שנהרגו מאז קום המדינה ומתוך 990 נשים שנהרגו כלוחמות מאז החל המאבק על ארץ ישראל בשנת 1860".
"כבוד הרב", כותב ליברמן, "הנני סבור שמעבר להתנצלות פומבית, ראוי היה שכמנהיג ורב בישראל תתייצב באופן אישי בפני אותם הורים שכולים שאיבדו את היקר להם מכל ותתנצל בפניהם על הדברים שהשמעת, ובמיוחד על הזלזול שהשתמע מהם והטלת הספק ביהדותן.
"מכינת עלי היא גוף מפואר שלבוגריה יש זכויות רבות בצה"ל ובהגנה על מדינת ישראל. דווקא בשל כך הדברים שאמרת והערכים שאתה מייצג כעת, אינם יכולים להוות בסיס לחינוכם של תלמידי הישיבה והמכינה הזו".
לסיום, מבהיר ליברמן: "לאור העובדה שמדובר בדפוס חוזר ונשנה, ובאמירות ברורות שאתה ללא ספק עומד מאחוריהן, הנני דורש ממך להתפטר מתפקידיך גם במכינה וגם בישיבת ההסדר. במידה ולא תעשה כן, אאלץ להפעיל את סמכותי ולהפסיק את ההכרה של משרד הביטחון בישיבת עלי כישיבת הסדר, ואפעל בכל דרך שנתונה בידי על מנת לבטל את הכרתה של עלי כמכינה קדם צבאית".