שעה קלה לאחר הודעתו של השר לביטחון פנים אמיר אוחנה כי החליט להמליץ על מינויו של מפקד מג"ב ניצב יעקב (קובי) שבתאי לתפקיד מפכ"ל המשטרה הבא, הודיע מ"מ המפכ"ל, ניצב מוטי כהן - על פרישתו מהארגון, תוך שהוא מותח ביקורת חריפה על ניסיונות ההתערבות במשטרה ואי מינוי מפכ"ל קבוע במשך כשנתיים.
ניצב מוטי כהן, שכיהן בשנתיים האחרונות כמ"מ המפכ"ל, קיים ויעוד טלפוני עם סגל הפיקוד של המשטרה ובירך את ניצב יעקב (קובי) שבתאי על בחירתו לתפקיד מפכ"ל המשטרה.
בתוך כך הפיץ מ"מ המפכ"ל איגרת לכלל השוטרים והמפקדים בארגון, בה הודיע על כוונתו לפרוש.
באגרת, כותב ניצב מוטי כהן כי "לצד האתגרים המוכרים, בתקופה האחרונה נאלצתי להתמודד גם עם אתגרים מסוג חדש, ניסיונות להתערבות בעבודת משטרת ישראל. מעורבות שאין לה מקום בארגון ולא נתתי לה יד!".
"לנגד עיני עומדת כל העת חובת השמירה על עצמאות המשטרה. לכן, עשיתי כל שלאל ידי על מנת להדוף ניסיונות התערבות אלו ולהותיר את המשטרה נקייה מכל שיקול זר", מבהיר מ"מ המפכ"ל.
ניצב מוטי כהן מוסיף ומותח ביקורת חריפה על הממשלה כי "סוד גלוי הוא, כי ניתן היה במספר הזדמנויות במהלך השנתיים האחרונות למנות מפכ"ל במינוי קבע. במשטרת ישראל קצינים בכירים רבים הראויים להמשיך ולהוביל את הארגון ובכוחם לייצר בו יציבות. נראה כי ההחלטה שלא למנות מפכ"ל קבע משך זמן כה ממושך, לא הייתה נטולת שיקולים זרים.
"שנתיים הן תקופה ארוכה לשמש בה כממלא מקום מפכ"ל ועדיין, בחרתי להמשיך ולמלא את התפקיד עד למינוי מפכ"ל קבע לארגון. זאת, מתוך הבנה והכרה בגודל האחריות ותחושת השליחות בהובלת הארגון ובניהולו, במיוחד בתקופה לא יציבה זו. ראשית עבור הארגון, עבורכם השוטרים ועבור אזרחי מדינת ישראל".
לסיום, הוא כותב: "שוטרים ומפקדים יקרים, בימים הקרובים אצא לחופשה לקראת פרישתי מהארגון. בנימה אישית אל כל אחת ואחד מכם אומר, כי בכל שעשיתי תמיד ראיתי את טובת הארגון והמדינה לפני טובתי האישית. אני מסיים את דרכי ממקום של אהבת הארגון ואנשיו.
"מדינת ישראל זכתה בהיותכם שוטריה ומפקדיה! תודה לכם על שירות משותף, כתף אל כתף. המשיכו לעשות חיל!".
השר לביטחון הפנים אמיר אוחנה, הגיב לדברים ואמר כי "שר אמור להיות מעורב בענייני משרדו, ושר הבט"פ חייב להיות מעורב בעבודת המשטרה, גם אם זו תופעה חדשה עבור מישהו במשטרה או בשירות הציבורי בכלל".
מוקדם יותר, אמר השר אוחנה על המפכ"ל הבא כי "ניצב יעקב (קובי) שבתאי הוא קצין ערכי, יוזם, בעל נסיון עשיר ועטור צל"שים. הוא הוביל את החיל בתקופה הקשה והמאתגרת של אינתיפאדת הסכינים, במהלכה לוחמי ולוחמות משמר הגבול ניצבו בחזית לשמירה על שלומם וביטחונם של אזרחי ישראל. משמר הגבול הפך תחת פיקודו לחיל המבוקש ביותר לשירות בקרב צעירות וצעירים בישראל, לפני כל היחידות הצה"ליות, וזאת באופן חסר תקדים. כל האמור בצירוף חזונו למשטרת ישראל ותכונות אופיו הביאו אותי למסקנה שהוא האדם המתאים להוביל את המשטרה ולחזק את אמון הציבור בה".