לאחר חקירותיהם של האנשים הקרובים ביותר אליו, עורכי הדין דוד שמרון ויצחק מולכו, ראש הממשלה בנימין נתניהו צפוי להעיד לראשונה בפרשת הצוללות - ובהמשך ייתכן אף שייחקר באזהרה בפרשה, כך דיווח אמנון אברמוביץ' בחדשות 2.
עד כה הדגישו, שוב ושוב, במשרד המשפטים כי נתניהו אינו חשוד או מעורב בפרשת הצוללות.
בתגובה נמסר מטעמו של ראש הממשלה נתניהו: "פעם אחר פעם מנסים באופן מאולץ לקשור את ראש הממשלה לפרשת הצוללות וכלי השיט, בשעה שמשרד המשפטים הבהיר כבר שראש הממשלה אינו חשוד בדבר. שמענו הרבה נבואות במשך הזמן והרבה ספקולציות על 'מה עשוי להיות', אבל דבר אחד ברור: לא יהיה כלום כי לא היה כלום".
כבר לפני כחודש התבטאו גורמים המעורבים בחקירה כי נתניהו יהיה צפוי להיחקר במסגרת תיק הצוללות: "יש כמה שאלות שאנחנו חייבים לברר בפרשה הזאת", אמרו הגורמים ל-ynet.