פטירתו של מרן פוסק הדור הרב יוסף שלום אלישיב זצ"ל לא מותירה באדישות גם ארגונים חילוניים.
תנועת 'ישראל חופשית' הפועלת רבות בנושאים חילוניים, פירסמה הערב הודעת אבל מיוחדת, בהודעה נכתב: "היום, בגיל 102, נפטר הרב יוסף שלום אלישיב, מנהיג הציבור הליטאי ואחד הרבנים הנערצים ביותר בדורנו".
"על אף שדעותינו היו חלוקות ולעתים קרובות התנגדנו לדרכו, הרב אלישיב היה מנהיגם הפוליטי והרוחני של ישראלים רבים במשך 72 שנה". עוד אמרו: "'ישראל חופשית' משתתפת בצער המשפחה והקרובים, יהי זכרו ברוך".
מנכ"ל 'ישראל חופשית' מיקי גיצין אמר לכיכר השבת: "אני מביע את תנחומי על מותו של הרב שהיה מורה דרך ומנהיג רוחני ליהודים רבים בישראל ובתפוצות".
'הקרן החדשה לישראל' גם היא פירסמה הודעת אבל מיוחדת. בהודעה נכתב: "הקרן החדשה לישראל משתתפת בצער משפחתו, תלמידיו וחסידיו הרבים של הרב יוסף שלום אלישיב ז״ל, מהרבנים הנערצים של המאה האחרונה".