דבר פטירתו של הראשון לציון, המקובל הרב מרדכי אליהו היכה בתדהמה את העולם היהודי. תלמידו ומכריו שהתפללו לרפואתו פרצו בבכי עם היוודע דבר פטירתו של רבם הגדול.
רבנים ואישי ציבור מבכים את לכתו.
תא"ל במיל והשר לשעבר אפי איתם אמר כי הרב אליהו שילב יכולת נדירה של גאונות ובקיאות הלכתית, עם היכולת לקרב כל אדם בפשטות ובאהבה. "הרב היווה מגדלור עבור מאות אלפים במשך שנים רבות", אמר. "הוא תמך, עודד וחיזק אותי במהלך כל תקופת שירותי הצבאי ופעילותי הציבורית".
מ"ועד שוכני שומרון ובנימין" נמסר כי "הרב אליהו היה עמוד האש שהלך לפני מחנה המתיישבים ביהודה ושומרון, ועודד אותם בשעתם הקשה".
סיעות האיחוד הלאומי והבית היהודי יחדיו פרסמו הודעה משותפת, ולפיה: "אבלות על הלקח ארון האלקים מרן הראשון לציון והרב הראשי לישראל הגאון הרב מרדכי אליהו זצוק"ל.
"אוי לו לעולם שאבד מנהיגו ואוי לה לספינה שאבד קברניטה ירושלים של מעלה איבדה כלי חמדתה "ובלע המוות לנצח ומחה ד' אלקים דמעה מעל כל פנים".
יו"ר הכנסת, ראובן ריבלין, אמר הערב כי "הרב אליהו היה מאותם יחיד סגולה, שתורתם היא כעמוד אש לרבים. ידענותו, חריפותו, בקיאותו ונועם הליכותיו הפכו אותו לאישיות רוחנית יוצאת דופן, שרבבות שיחרו לפיתחה. הרב אליהו היה מעמודי התווך של הציונות הדתית בדור הזה ומעמדו המיוחד ומנהיגותו הבלתי מעורערת בקרב חוגים רבים, מותירים כעת, אחרי לכתו חלל גדול. הוא ייזכר כמי שהטביע חותם רוחני עמוק על רבדים רחבים בציבוריות הישראלית".
שר המדע דניאל הרשקוביץ ("הבית היהודי") ביכה את מותו של הרב: "זו אבידה גדולה לעם היהודי. הסתלק מעמנו אחד ממנהיגיה הרוחניים הבולטים של הציונות הדתית - תלמיד חכם בנסתר בנגלה. איש חסיד ופוסק אמיץ".
הרב רחמים נסימי, ראש רשת שעלי תורה, אמר כי "הגרעינים התורניים איבדו היום את המנהיג בה"א הידיעה של הגרעינים".
"הרב היה הדוחף לצאת ולהשפיע על עם ישראל. לא פעם ולא פעמיים באה משפחה להתייעץ עם הרב ובמוקד עמד חינוך הילדים והרב נתן את ברכתו למשפחה ועודד אותה לצאת לערים לצאת ולהפיץ תורה! הרב חזר ודיבר על החשיבות של הרבצת תורה ושבזכות הרבצת התורה לרבים נזכה לנחול את הארץ! קהילות רבות בישראל אבדו את המנהיג שלהם! אנו מתפללים לקב"ה שישלח תנחומים לכל ישראל וביחוד למשפחת הרב ולממשיך דרכו בנו הרב שמואל אליהו שליט"א".
חבר הכנסת אורי אריאל אמר כי הרב אליהו היה מעמודי התווך של הציונות הדתית וחסרונו יורגש בכל שדרות העם. אנו נמשיך ללכת לאור תורת ארץ ישראל שלימד אותנו, ואני שולח תנחומים מעומק הלב למשפחת הרב ולתלמידיו הרבים".