ביממה האחרונה פורסם כי בכירים במשרד המשפטים הביעו ביקורת קשה על התנהלות המשטרה במסגרת פרסום המלצות המשטרה, ועל עצם ההמלצות, מה שהוביל את משרד המשפטים לפרסם הודעה חריגה כי הכל היה מתואם וכי שיתוף הפעולה בין המשרד למשטרה - מצוין.
בהודעת משרד המשפטים נאמר: "פרסום הודעת משטרת ישראל על סיום החקירה בפרשות 1000 ו-2000 נעשה בהתאם להנחיית היועץ המשפטי לממשלה 4.1003 שעניינה 'קווים מנחים לרשויות האכיפה בעניין פרסומים מחקירות'. הדבר נעשה באישור היועץ המשפטי לממשלה ופרקליט המדינה מראש, כנדרש וכמקובל"
במשרד הבהירו: "היועץ המשפטי לממשלה ופרקליטות המדינה פועלים בתיאום מלא ובשיתוף פעולה מצוין עם משטרת ישראל".
עם זאת, במשרד המשפטים הדגישו כי: "מובן כי העמדה המשפטית לגבי תיקים אלה תגובש רק לאחר בחינה יסודית של הראיות שנאספו בחקירה בידי גורמי התביעה, וכל פרסום אחר בעניין זה הוא באחריות המפרסם בלבד".
אמש פורסם חברת החדשות כי במשרד המשפטים מתחו ביקורת קשה על ההמלצות שהוגשו וטענו כי ההמשטרה הכניסה את היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט לסיטואציה בלתי אפשרית: "כל נסיגה מההמלצות, ולו הקטנה, תיראה כמו התרסקות".
עוד אמרו בכירים בפרקליטות כי: "לא לכל הנטען בהמלצות יש כיסוי ראייתי. ניפחו את הבלון עד הסוף. המשטרה רשמה צ'ק שלא היא תצטרך לפרוע. התיק אפוי רק 95% ולא בשל להעברה במועד הזה".