לאחר דיונים מקדימים שנערכו בצה"ל ובמשרד הביטחון, ובשל הרצון לנתק בין מערכת הביטחון וצה"ל לבין פעילותה של תחנת רדיו עצמאית, החליט שר הביטחון בני גנץ בהמלצת הרמטכ"ל רא"ל אביב כוכבי להניע מהלך שמטרתו הוצאת גלי צה"ל ממערכת הביטחון. ההחלטה נובעת מהייעוד של צה"ל, וכן מהצורך להפריד בין שירותם של חיילי צה״ל לבין פעילותו של אמצעי תקשורת בו מועסקים לובשי מדים בתכנים פוליטיים.
בימים הקרובים יוקם צוות מקצועי בין-משרדי בראשות מנכ"ל משרד הביטחון אלוף (במיל') אמיר אשל, אשר יכלול נציגים של משרד הביטחון, צה״ל, משרד המשפטים ומשרד התקשורת. הצוות יגבש בתוך מספר שבועות מתווה להוצאת התחנה ממערכת הביטחון, והפעלתה במתכונת אזרחית או סגירתה.
גנץ אמר: "ההחלטה שקיבלתי בהמלצת הרמטכ"ל היא עניין ערכי ולא תקציבי. התקשורת החופשית בישראל היא חשובה מאין כמוה, ואמשיך להגן עליה ולדאוג לעצמאותה, אולם קיום תחנה צבאית בצה"ל אינה סבירה בעת הזו. קבעתי כי לובשי מדים לא יעסקו בפוליטיקה בשום תפקיד, זהו דבר בלתי מתקבל על הדעת הסותר את ערכי צה"ל, את היושרה המתחייבת ואת ההתנהלות התקינה. אני מוקיר את גל"צ ואת תרומתה לתקשורת הישראלית, ולמגוון הדעות והקולות בתקשורת, ונכון יהיה למצוא אפיק אחר להמשך פעילותה".
מדובר בהחלטה שמגיעה לאחר יותר מ-70 שנות קיומה של התחנה. במשך שנים נשמעה הביקורת על פעילות התחנה והשימוש בתקציבי צה"ל ובחיילים לצורך תפעולה השוטף.
מגלי צה"ל נמסר בתגובה: "גלי צה"ל המציינת 70 שנה היא נכס צאן ברזל בתרבות ובחברה הישראלית. גלי צה"ל היא בית לחיילים, בית ליצירה הישראלית, לתרבות ולאמנות, בית לאינספור עיתונאים מצוינים. גלי צה"ל היא בית לדמוקרטיה הישראלית ופרח מוגן, שעליו יש לשמור מכל וכל".