עם הכרזתו של הנשיא טראמפ על פרישה מארגון הבריאות העולמי גם בישראל החלו שוב להישמע קולות לפרישה מהארגון - לטענת ארגונים שונים בישראל, ארגון הבריאות העולמי נשלט בידי גורמים התומכים בטרור ופועל נגד האינטרסים של ישראל.
בשנת 2020 הכריז הנשיא טראמפ לראשונה על פרישה אפשרית מארגון הבריאות העולמי, בטענה כי הארגון נכשל בתפקידו, לא פעל כראוי במהלך מגפת הקורונה ומוטה לטובת סין. הוא האשים את הארגון בכך שסייע לסין לטייח את מקורות המגפה ותרם להתפשטות הנגיף בעולם. יורשו בתפקיד, ג'ו ביידן, ביטל את תהליך הפרישה עם כניסתו לתפקיד, אך טראמפ חזר בו מהחלטתו זו ביומו הראשון לאחר שנבחר שוב לנשיאות בשנת 2025.
ארגוני הימין בישראל טוענים כי הארגון משתף פעולה עם ארגון הטרור חמאס ופוגע בריבונותה של ישראל. הם מביאים כדוגמה את תגובתו של מנכ"ל ארגון הבריאות העולמי, טדרוס אדהנום ג'ברייסוס, למבצע צבאי בעזה. לדבריהם, ג'ברייסוס הביע תמיכה בתושבי עזה, התעלם ממצבם של חטופים ישראלים ואף כינה תקיפות נגד מטרות טרור של חמאס בבתי חולים כ"התקפות על שירותי בריאות בשטח הפלסטיני הכבוש".
ארגונים בישראל מצטרפים לטענתו של טראמפ, לפיה ארה"ב משלמת סכומים גדולים לארגון ביחס למדינות אחרות, אך אינה מקבלת יחס הוגן. הם קוראים לנתניהו לנתק את הקשרים עם ארגון הבריאות העולמי ולחזק את הקשר עם ארה"ב.
במכתבם לראש הממשלה ולשרי הממשלה, כתבו הארגונים: "אנו שבים וקוראים לך ולממשלת ישראל, בשם ערכי החירות ובשם ההגנה על טובתה ושלומה של מדינת ישראל מפני מבקשי רעתה, להצטרף למהלכו ההיסטורי של נשיא ארה"ב ולהודיע על פרישתה של מדינת ישראל מארגון הבריאות העולמי".
לטענתם, הארגון "הפך בשנים האחרונות לארגון רודני בחסות סין וארגוני הטרור" ומסכן את "החירות האישית של כל אחד מאיתנו"