בהמשך ישיר למראות הקשים של אירועי האלימות הבלתי נסבלים של שוטרי מג"ב כלפי מתפללים חרדים בהר מירון, השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר פנה ישירות למפקד מג"ב יצחק בריק בעניין מבלי לעדכן קודם את המפכ"ל שבתאי, שזעם כשגילה על כך לאחר מכן.
השר בן גביר סבור כי השוטרים המעורבים הם אנשי מילואים במג"ב, והוא סיכם עם בריק כי "השוטר שהטיח באכזריות אדם מבוגר לרצפה, השוטר שירה באוויר והשוטרת שהכתה אישה מבוגרת במהלך האירועים במירון יושעו עד לסיום הבירור". שבתאי, מצידו, אומר כי השוטרים לא הושעו אלא רק הורחקו מפעילות מבצעית עד לסיום הבירור בעניינם.
לפי הדיווח ב Yent הפנייה של בן גביר נתפסה כהתערבות ישירה ולא-עניינית בעבודת המשטרה, במיוחד אחרי שנמנע מלפעול נגד שוטרים שהפעילו אלימות באירועים אחרים - כמו ההפגנות בתל אביב - ואף גיבה אותם.
המפכ"ל רב ניצב יעקב שבתאי, צפוי לסיים בעוד שבועות ספורים את תפקידו, יחסין עם השר הממונה עליו ידעו עליות ומורדות ולאחרונה לא דווח על תקלות מיוחדות בעניינם אלא שהשעיית שוטרים היא בסמכות של ראש אגף משאבי אנוש במשטרה - ולמפקד מג"ב יש סמכות רק להרחיקם מפעילות מבצעית - כפי שאכן החליט שבתאי. אחרי התערבות השר לפי המפכ"ל מדובר בהפרה של החלטת בג"ץ בנושא והוא מיהר לעדכן בכך את היועמ"שית.
ממשטרת ישראל נמסר בתגובה: "לאור האירועים שאירעו במירון, פנה השר לביטחון לאומי למפקד משמר הגבול באופן ישיר וללא עדכון מקדים של המפכ"ל בנושא השעיית הלוחמים. כדי להעמיד דברים על דיוקם, בהחלטת מפכ"ל המשטרה, השוטרים לא הושעו אלא הורחקו מפעילות מבצעית עד לסיום הבירור בעניינם. בהקשר לכך ונוכח העובדה שמדובר בהתערבות של השר באירוע קונקרטי, בניגוד להחלטות בג"ץ, עדכן המפכ"ל את היועצת המשפטית לממשלה על אופן ההתנהלות האמורה".
בסביבת השר בן גביר מתחו ביקורת על מפכ״ל המשטרה רנ״צ קובי שבתאי ואמרו כי ״בתקופה האחרונה המפכ״ל לא מתפקד ונעדר מישיבות חשובות. נעדר מישיבת ההכנה על מירון, והשיא שהוא בכלל לא הגיע במירון באופן חסר תקדים - בניגוד להיסטוריה של 20 שנים״.
בסביבת השר מוסיפים, כי ״המפכ״ל שבתאי לא ביקר בהר מירון בכל ימי ההילולה, ובהערכת מצב האחרונה לא הגיע״
בסביבתו של בן גביר תקפו: ״אין מפכ״ל מתפקד במדינת ישראל - מדו״ח ועדת מירון הוא מסתובב כבוי. אם המפכ״ל מסיר אחריות, השר גם צריך לעשות את זה? ממעט לדיונים וישיבות חשובות.
״אם יש אלימות חמורה - השר חייב לבקש דין וחשבון ועשה זאת עם גורמים רלוונטיים לאירוע ולא עם מפכ״ל שלא מתפקד״
מקורביו של השר בן גביר אומרים: ״לא יתכן שיש אירועי אלימות קשים בהר מירון - והמפכ״ל לא מתערב באירוע״