בשעה 1:15 בבוקר יום שני, החלו להגיע דיווחים מגזרת ג'נין על תקיפה אווירית חריגה של צה"ל בתוך ג'נין, שובלי עשן מתיעודים פלסטיניים רצו ברשתות וכולם הבינו שקורה כאן משהו.
גם החמושים בג'נין שעטו לעבר המטרות שנפגעו, בהן חמ"ל מצלמות של הארגון שמרכז אזורי טרור נבחרים בגזרה. בתרגיל ההסחה שצה"ל תכנן, הכול עבד לפי התוכנית: במהלך מתוכנן היטב מראש, הצבא העמיד את הכוחות בכניסה לעיר בכוננות, וברגע שהחמושים התרכזו לכיוון המטרות, הצבא נכנס לעומק המ"פ והתחיל את הפעילות.
כבר בתחילת האירוע דווח על הרוג מהצד הפלסטיני מהתקיפה, ובמקביל דווח על כניסה נרחבת של כוחות קרקע לתוך העיר. לאחר כעשרים דקות פרסם הצבא את השם הצבאי למבצע: "בית וגן".
באמצע הלילה, החלו הרשתות לשדר שידורים חיים בעקבות תחילת המבצע הצבאי, כאשר ברקע תמונת המחבל שנהרג ותימרות עשן מהעיר. היקף הכוח החל לאט להתברר: מאות לוחמים -רובם לוחמי קומנדו מיחידות מובחרות וכוחות הנדסה נמצאים בתוככי מ"פ ג'נין.
חילופי האש בין הכוחות לחמושים התחילו לאחר זמן קצר כאשר מגיעים עוד ועוד דיווחים על מחבלים שצה"ל מחסל בקרב יריות בעיר. כיאה ל"צבא המוסרי בעולם", נראו תמונות של סמסים שקיבלו תושבי העיר להישאר בבית ולשמור על המשפחה, כלשון ההודעה.
במקביל יצאה הודעה מגורמים רשמיים, שהמבצע יימשך ככל שיידרש כדי למגר את קיני הטרור בעיר, מה שחיזק את ההערכות כי לא מדובר בפעולה כירוגית כפי שקורה בכל לילה ברחבי יו"ש, אלא במשהו נרחב יותר, במבצע 'בית וגן' עם יעדים ברורים.
החמאס והג'יהאד מיהרו להגיב על האירוע אך עד עתה נמנעו מלהגיב מהרצועה, והסתפקו באמירות לאומניות כנגד 'כוחות הכיבוש הציוני'.
בבוקר יום ראשון, משרד הבריאות הפלסטיני מודיע על שני הרוגים פלסטינים ועשרה פצועים בסך הכול מהתקיפות האוויריות וחילופי האש עם צה"ל.
במקביל צה"ל מבצע מעצרים של מבוקשים - עשרות במספר, כאשר כל העת אותם מבוקשים פולטים מידע מודיעיני יקר ערך מה שמוביל את הצבא לביצוע פעולות נוספות כנגד התארגנויות טרור ברחבי המ"פ והעיר.
במהלך יום ראשון המשיך צה"ל בביצוע מעצרים, חיסול חמושים ופעולות אוויריות כירורגיות באמצעות מלטי תקיפה.
בשעה 10:00 בבוקר כבר דווח ממשרד הבריאות הפלסטיני על חמישה פלסטינים שנהרגו במבצע בסך הכול.
במהלך היום, דובר צה"ל מפרסם סרטונים ותמונות מפעולות הלוחמים בגזרה שכללה עימות באש חיה עם חמושים, מציאת מטענים ומעבדות חבלה שיוצרו בתוך המ"פ. כמו כן פורסמו תיעודים מהאוויר של פעילות מלטי התקיפה כנגד יעדי טרור בעיר.
בגזרה העולמית העולם שותק, והבית הלבן אף פרסם הודעה בזכותה של ישראל להגן על עצמה. למעט איחוד האמירויות ה'ידידים' החדשים שפרסמו הודעה בגנותה של 'כוחות הכיבוש', לא נשמעו הודעות גינוי משאר מדינות המערב.
בסיבות השעה 15:00 דווח על מסגד במ"פ בו מתבצרים מחבלים חמושים ואשר מופעל עליהם ניהל 'סיר לחץ' כפי שנקרא בהגה הצבאית, פעולה שהצליחה בסופו של דבר.
באזור השעה 16:50 דווח על מעבדת ענק שנמצאה מתחת לבית מסתור, ובה על פי הודעת צה"ל "מאות מטעני גחון ובור אמצעי לחימה". כמו כן נמצאו מעבדות נוספות שהכילו מטעני נפץ ואמצעים להכנת מטענים - כולל הוראות הדרכה למחבלים מתחילים.
נכון להבוקר (שלישי) אלו הם תוצאות המבצע:
- עשרות חשודים נעצו ותוחקרו על ידי הצבא, חלקם שוחררו וחלקם הועברו לטיפול שב"כ.אותרו מעבדות נפץ ובהן מאות מטענים, כולל רקטה מאולתרת. פירים תת קרקעיים ובהם אמצעי לחימה. תקיפות צהליות (כ-20 במספר) על ידי כוחות אוויריים של הצבא. תשעה מחבלים נהרגו ועשרות נפצעו.
כפי שצה"ל אמר כבר בתחילת המבצע, הוא יימשך ככל שיידרש, אך גוברת ההערכה שהדרג המדיני ינסה להביא לסיומו בהקדם האפשרי תוך מיצוי היכולות של צה"ל עד תום, וזאת כדי למנוע שחיקה והתערבות של הקהילה הבינלאומית.