רב הכותל והמקומות הקדושים, הרב שמואל רבינוביץ', פרסם הודעת גינוי חריפה בעקבות הצתת המסגד בשכם.
"המקומות הקדושים לכל בני הדתות צריכים להיות מחוץ למסגרת המחלוקות שבין העמים. יש לחקור את המעשה הקשה הזה ולגלות את מבצעיו במהרה", אמר הרב רבינוביץ'.
"כולנו הזדעזנו לנוכח הפגיעה בבתי הכנסת בגוש קטיף כשהשבוע אנו מציינים יום הזכרון לכך ובמקומות אחרים בעולם, אל לנו להיות דומים לפורעים אלו".
הצתת המסגד בשכם התרחשה שעות לאחר הרס 3 בתים במגרון.
ברשות הפלסטינית מיהרו להפנות אצבע מאשימה כלפי המתנחלים, בטענה כי הם אלו שאחראים להצתת המסגד במסגרת "תג מחיר".
חבר-הכנסת נחמן שי הגיב להצתת המסגד: "כוחות הביטחון נכשלים פעם אחר פעם באכיפת החוק והסדר ביהודה ושומרון.
"חרף הצהרותיהם החגיגיות של ראש הממשלה ושר הביטחון, בפועל לא נעשה דבר.
"חומר הנפץ מונח בשטח ומחכה לגפרור שיצית אותו. בעיתוי הנוכחי אירועים אלה רק מגבירים את השנאה והביקורת כלפי ישראל ואת בידודה הבינלאומי".