לקראת החגים בהם מתכנסים יחדיו המוני מתפללים בבתי הכנסת, בחצרות האדמורי"ם ובהיכלי הישיבות, פרסם משרד הבריאות כללי התנהגות למניעת התפשטות השפעת בקרב המתפללים. חשוב להביא זאת לידיעת כלל הציבור בבתי הכנסת, כן יפרסמו הגבאים והממונים את ההוראות הבאות, לתועלת הציבור ולבריאותם.
בכדי למנוע סכנה לרבים, על אדם חולה בשפעת, או החשוד כי חלה בשפעת, להימנע מלהגיע לבית הכנסת. הדבר נכון לגבי כל הגילאים, בכל ימות השנה, והוא נכון שבעתיים בימי הסליחות, בימים הנוראים ובחגים, בהם בתי הכנסת מלאים במתפללים.
אדם שהבריא מהשפעת, יכול לשוב לבית הכנסת יממה לאחר ירידת החום.
על באי בית הכנסת לשמור על היגיינה אישית על מנת למנוע הידבקות במחלת השפעת: עיטוש ושיעול לתוך ממחטת נייר והשלכתו לפח האשפה. בהעדר ממחטת נייר, עיטוש ושיעול לתוך מרפק מכופף, ולא לתוך כף היד. שטיפת ידיים לעיתים קרובות במים ובסבון, ובמיוחד אחרי שיעול/עיטוש.
אין צורך להימנע מלחיצת ידיים, אך יש לרחוץ ידיים במים, מומלץ גם בסבון לאחר מכן.
בקהילות שונות בהן נוהגים לנשק את היד לאחר לחיצת יד, עדיף להימנע ממגע היד בשפתיים.
יש להימנע מנישוק ישיר בשפתיים של חפצי קודש השייכים לכלל ציבור, כגון הפרוכת וספרי התורה. כמובן שאין מניעה לנשק חפצי קודש פרטיים, כגון טלית ותפילין.
יש לדאוג לאוורור בית הכנסת במידת האפשר, על ידי פתיחת הדלתות והחלונות.
יש לוודא למלאי שוטף וזמין של סבון נוזלי לשטיפת ידיים ומגבות נייר. שימוש במגבת בד משותפת לכל המתפללים עלולה לגרום להפצת השפעת.
נטילת ידיים בלבד, ללא סבון, אינה יעילה מספיק במניעת ההדבקה בשפעת.
במקום בו נערכים סעודות ברבים, כגון אולמות אירוח, אכסניות וחדרי אוכל, יש להקפיד על שטיפה של כלי האוכל לאחר השימוש ולמנוע שיתוף בכלי האוכל בין האנשים. יש להקפיד כי מי שסובל מתסמיני המחלה לא ישתתף בהכנת המזון וכן לא ישהו אנשים החולים בשפעת בקרבת האוכלים.
על הגבאים והממונים על השטח הציבורי, להגביר את תדירות פעולות הניקיון בבית הכנסת ובבית המדרש.