בעקבות מגפת הקורונה שפרצה בישראל במרץ 2020, ובהנחיית רה"מ מפברואר 2020 החל המכון בתהליכי פיתוח חיסון ונוגדנים כנגד נגיף הקורונה החדש, שכללו בין היתר הכשרת קו ייצור לחיסון, ניסויים פרה-קליניים בבעלי חיים וניסויים קליניים בבני אדם.
מבקר המדינה מצא, כי הצעת מנהל המכון לרה"מ אשר בעקבותיה ניתנה ההנחיה לא עלתה בקנה אחד עם היכולות המוגבלות של המכון בתחום הייצור לפני התפרצות מגפת הקורונה, וכי המל"ל איפשר להעלות לדיון את נושא החיסון ולהציג את ההצעה לרה"מ, אף שהיה מודע לכך שמטה עוזר שר הביטחון לא ידע בעוד מועד על מכתב מנהל המכון ולא קיים תהליך בקרה בנושא.
בנוסף, הפרויקט נוהל שלא בהתאם לנהלים התקפים במכון, ומטה עוזר שר הביטחון איפשר את התנהלות הפרויקט בלי שהתקיימו תהליכי הבקרה הנדרשים. לוח הזמנים הצפוי לביצוע הפרויקט התארך מכ-11 חודשים לכ-36 חודשים, והתוספות התקציביות הוצגו בחלקים ולא כתמונת מצב מלאה (עלייה מכ-63 מיליון ש"ח לכ-1.4 מיליארד ש"ח). כך נמנע שיקוף מלא של לוח הזמנים הצפוי וההשקעה הנדרשת לפרויקט, שעד למועד סיום הביקורת הושקעו בו כ-230 מיליון ש"ח.
במועד סיום הביקורת, יולי 2022, פרויקט החיסון והנוגדנים במכון, שהוגדר כמשימה לאומית והושקע בו תקציב של כ-230 מיליון ש"ח, נסגר בלי שפיתוחם וייצורם של החיסונים והנוגדנים הושלם, ובלי שהם אושרו לשימוש בבני אדם, כך שלמעשה כל הכסף ירד לטמיון.
המבקר ציין כי ניהול משברים, בייחוד משברים לא צפויים, מחייב קבלת החלטות וביצוע מהיר של פעולות בתנאי לחץ ואי-ודאות. עם זאת, הדחיפות שהייתה בתחילת המגפה אינה יכולה להיות נימוק לליקויים שהיו במשך התקופה שלאחר פברואר 2020, מועד הטלת משימת הפיתוח על המכון.
המבקר אנגלמן ממליץ, כי מטה עוזר שר הביטחון והמכון יערכו תהליך להפקת לקחים לגבי הליך פיתוח החיסון על ידי המכון, בפרט לשם חידוד מנגנוני הבקרה בתהליכי הפיתוח והייצור המבוצעים במכון. כן מומלץ כי מטה עוזר שר הביטחון יבחן אם קיימת תרומה אפשרית למכון בהתמודדות מדינת ישראל עם פנדמיה בעתיד, זאת בהתייחס לשלבים השונים של פיתוח תכשירים רפואיים, ובכלל זה הייצור והרגולציה המתחייבת במסגרתם.
המבקר התייחס בדו"ח המיוחד גם לנושא רעידות האדמה וחוסר המוכנות הישראלית אליהם. "התזכורת שקיבלנו מרעידת האדמה בטורקיה צריכה להרעיד את אמות הספים של הממשלה. הנתון לפיו משרד הבינוי והשיכון לא השלים חיזוקם של 93% מהמבנים הטעונים חיזוק מיידי בערי הפריפריה וש- 70% מבתי הספר המיועדים לחיזוק לא חוזקו - צריכים להדיר שינה מראש הממשלה ומשרי הממשלה".
אנגלמן התייחס גם לסיוע לענף התיירות בקורונה ומאשים את המלונות בניצול הסיוע מהמדינה להגדלת רווחים כשהם מעלים את המחירים לאחר מכן, "למרבה האבסורד מורי הדרך שהיו זקוקים יותר מכל לסיוע לא קיבלו את המגיע להם. רק 13% מהם זכו לסיוע חודשי ממוצע של 300 ש"ח מנובמבר 2020 עד דצמבר 2021".
המבקר התייחס גם לנושא בתי החולים בפריפרייה ואמר: "לא יעלה על הדעת שילד באשקלון יופלה לרעה. העדר רופאים מומחים לילדים בפריפריה בבתי החולים ובקהילה מונע טיפול ראוי ושוויוני בילדים אלו".