בתקופת מגפת הקורונה, הרחיב משרד הבריאות את פעילותו בפיקוח ובקרה על מקוואות הטהרה ובין היתר בצע סקר ארצי לבחינת איכות מים בבורות הטבילה במקוואות, בשעות הפעילות. הסקר נערך במחצית הראשונה של שנת 2021 וכלל דיגום ב-121 בורות טבילה בכל הארץ.
מהסקר עלה כי 90% מדגימות המים שניטלו, לא עמדו בדרישות ערכי הסף שנקבעו בתקנות רישוי עסקים למקוואות (בתקנות רישוי עסקים למקוואות). ברוב בורות הטבילה ריכוז הכלור חופשי (הפעיל) נמצא לא תקין: ב-44% מבורות הטבילה הערך היה גבוה מהערך המותר בתקנות, וב-20% מבורות הטבילה הערך שנמדד היה נמוך מהערך המותר.
לעומת זאת מבחינת החיידקים והזיהומים, אחוז החריגות שהתקבל נמוך יחסית, ככל הנראה בשל ריכוזי חומר חיטוי גבוהים מהמותר. יצוין, כי הכלור הוא חומר רעיל שריכוז גבוה מידי ממנו יכול לגרום להרעלה מסוכנת.
לבסוף, מסקנות הסקר היו שאיכות המים במקוואות שהשתתפו בסקר אינו משביע רצון, כח האדם המפעיל את המקוואות אינו מספיק מיומן ומקצועי ומהימנותן והיקפן של בדיקות איכות מים בשגרה אינו מספק.
משרד הבריאות המליץ למשרד לשירותי דת, לרשויות המקומיות, למועצות הדתיות ולבעלי המקוואות לפעול לקידום הסדרת רישיונות עסק לכלל המקוואות (גברים ונשים) ואכיפת התקנות
כמו כן המליץ המשרד על הדרכה והכשרת כח אדם טכני והכשרת בלניות לשמירה על תנאי תברואה נאותים של מבנה המקווה ושל איכות המים. זאת לצד בקרה ופיקוח על תנאי תברואה נאותים – הגברת בקרה ופיקוח בעלות המקווה, המועצות הדתיות, והרשויות המקומיות.