על פי פרסום במהדורת 'חדשות 13', לארגון 'הדגלים השחורים' שהפגינו מול בית ראש הממשלה בבלפור בזמן כהונתו של נתניהו, היה יועץ סודי. היועץ הוא לא אחר מאשר מפכ"ל המשטרה לשעבר רוני אלשיך, שבתקופת כהונתו נחקר ראש הממשלה לשעבר נתניהו בפרשיות שונות, מה שגרם למתיחות בין שני האישים.
על פי הפרסום, המפכ"ל לשעבר אלשיך סיפק מידע וכן ייעץ טלפונית למנהיגי המחאה, וכן חיבר אותם לאישים בכירים נוספים שיוכלו לסייע. הייעוץ נעשה בהתנדבות ואלשיך לא השתתף בהפגנות או לקח חלק פעיל בתנועת 'הדגלים השחורים'.
מהליכוד נמסר בתגובה לפרסום - "פלא שתפרו תיקים?"
בעבר נרשמו חילופי עקיצות בין ראש הממשלה לשעבר נתניהו והמפכ"ל לשעבר אלשיך. אלשיך אמר בריאיון בעבר כי "קיבלתי מסרים עקיפים שבסביבת רה"מ אני מכונה בוגד". עוד אמר על נאום נתניהו בבית המשפט יחד עם בכירי הליכוד אמר כי "אני חושש לילדיי ונכדי שאירוע כזה מתרחש במדינת ישראל".
ראש הממשלה לשעבר נתניהו תקף את אלשיך בעבר גם כן, ואמר כי ההדלפות מחקירתו "הפכו לצונאמי". עוד אמר נתניהו, לאחר שהתראיין אלשיך לתכנית 'עובדה' כי "מזעזע לגלות שהמפכ"ל חוזר על הרמיזה ההזויה והשקרית שרה"מ שלח חוקרים פרטיים נגד קציני משטרה החוקרים אותו. רמיזותיו כל כך חמורות שנדרשת מיד חקירה אובייקטיבית ומהירה שתסיק את המסקנות המחייבות לגבי אופן ניהול החקירה וגיבוש ההמלצות".