בשנה האחרונה עוטה על עצמו היועץ המשפטי לממשלה, ד"ר אביחי מנדלבליט, ארשת ממלכתית. הדברים הקצינו עם קבלת ההחלטה על הגשת כתב האישום נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו, כאשר בצעד יחסית נדיר קיים מנדלבליט מסיבת עיתונאים בה גינה באופן חריף את המתקפות נגד הפרקליטות וחוקרי המשטרה.
אלא שהבוקר (שני) חושף חיים מרגליות, הכתב המשפטי של 'המבשר', קטעים מתוך מסמך אותו שלח מנדלבליט בעצמו לקראת מינויו לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה, בהקשר לחקירותיו בפרשת מסמך הרפז.
באותה תקופה ניטש ויכוח בין מנדלבליט שטען כי לא סייע בהסתרת המסמך המזוייף אצל גבי אשכנזי, הרמטכ"ל דאז, וכי לא שוחח על כך עם עוזר היועמ"ש רז נזרי.
החוקרים טענו על פי פרשנותם לאחת ההקלטות, שפורסמה ב'חדשות 13', כי מנדלבליט ידע על המסמך ופעל כדי להרחיק את אשכנזי מהחקירה.
במסמך שפרסם מנדלבליט בעצמו, הוא לא בוחל במילים כשהוא תוקף את חוקריו וגם את קודמו בתפקיד יהודה ויינשטיין.
"ניתן היה להניח, או למצער לקוות, שרשויות החקירה יקדישו תשומת לב מיוחדת לתמליל הכתוב של אותה שיחה, על מנת להבטיח את דיוקו... למרבה הצער, לא כך נעשה", תקף מנדלבליט ובהמשך, "אותם משפטים תומללו במסגרת החקירה באופן לקוי ורשלני". עוד טוען מנדלבליט כי התמלול היה "שיבוש דרמטי של הדברים".
החקירה, טוען מנדלבליט, "מלכתחילה לא היתה צריכה להפתח". לדבריו, "לא ניתן להתחמק מהרושם כי הטפל הפך לעיקר, וכי הניסיון למצוא סתירות בחקירותיי ובכך להטיל בי דופי הפך לתכלית העיקרית של קיום החקירה".
מנדלבליט עובר לתקוף את חוקרי המשטרה וכותב כי "הדבר בהחלט תואם את הקו בו נקטו חוקרי המשטרה אשר חזרו פעמים רבות מספור על ניסיונם להביא אותי להודות, בניגוד לרצוני". אותם חוקרים, אומר מנדלבליט באותו מסמך "הציגו בפניי מספר רב של פעמים תמונה ראייתית שאינה אמת. תכלית זו של החקירה בוודאי זרה להליך הפלילי".
על מכתב השלכות החקירה שהטיל בו פגם, כותב מנדלבליט, שימו לב, על היועמ"ש דאז: "הוא לא מצא לנכון לברר עימי טרם חרץ את הדין, אם קיים הסבר כנה ותום לב לאותן 'סתירות' כביכול שמצא בחקירותיי". טענות ויינשטיין לדבריו של מנדלבליט הן "חסרות כל בסיס והגיון ומופרכות".