ראש המוסד, יוסי כהן חשף השבוע כי הקימו בארגון הריגול הישראלי מנהלת מדינית-ביטחונית, שתפקידה לקדם שלום אזורי במזרח התיכון, ועורר זעם במשרד החוץ.
בנאום בכנס הרצליה אמר כהן, כי "למוסד תפקיד לזהות הזדמנויות לשלום. כדי להעצים את כוחנו בהשפעה בנושא, הקמנו מנהלת חדשה שתעבוד בדיוק בשביל זה".
לפי דיווחו של איתמר אייכנר באתר ynet, גורם במשרד הגיב לאחר הנאום של ראש המוסד ואמר כי "נאומו של כהן בכנס הרצליה דופק כמעט את המסמר האחרון בארון המתים של משרד החוץ".
לטענתו, המשמעות של הנאום הוא: "כהן קובע חד-משמעית מי משפיע על מדיניות החוץ האזורית של ישראל - וזה המוסד, ולא משרד החוץ".
בנוסף, בכירי המשרד הופתעו לגלות מפיו של כהן על הקמת נציגות של משרד החוץ בעומאן, בעקבות "מערכה חשאית ארוכה" של ארגונו, המוסד.
יצוין כי גם את ביקורו של ראש הממשלה בנימין נתניהו בנסיכות הערבית, ארגן המוסד, ויוסי כהן נלווה אליו, מה שעורר סערה נוספת במשרד החוץ.
בכירים במשרד משוכנעים כי מדובר בנקמנות אישית, לאחר שבנו לא התקבל לקורס הצוערים היוקרתי, וכי הוא פועל בהסכמת ראש הממשלה, שלטענתם, בתקופת כהונתו, הידרדר מעמד המשרד.