הרב שיצא כנגד גיוס נשים ושהמכינה בראשה הוא עומד ספגה בשל כך את איומי שר הביטחון אביגדור ליברמן לבטל את ההכרה בה, "יצא לחופשה" - כך לפי הודעתו לתלמידיו.
על פי הפרסום בחדשות 2, הרב יגאל לוינשטיין שלח היום (רביעי) מכתב לתלמידיו, ובו כתב: "כיוון שיצאתי לחופשת לימודים, אני מבקש לא לפנות אליי בזמן הלימודים". בכך הוא נכנע למעשה לדרישת ליברמן שיפסיק ללמד במכינה.
כזכור, ראש המכינה בעלי אמר לפני כמה שבועות בנאום שהסעיר את המדינה: "שיגעו לנו את הילדות. מגייסים לנו אותן לצבא. הן נכנסות יהודיות, אך הן לא יהודיות בקצה. כל מערכת הערכים שלהן תשתבש".
יצויין, כי מהמכינה בעלי נמסר היום: "הרב יגאל לוינשטיין ממשיך ללמד ולעמוד בראש מכינת בני דוד". כך גם בסביבת הרב טוענים כי "אין קשר בין החופשה שביקש הרב לוינשטיין כבר לפני חודשיים ובין הפרשה ודרישת שר הביטחון ליברמן".