לאחר שעות של משא ומתן בין כוחות הביטחון לעשרות הנערים המתבצרים בבית הכנסת במאחז עמונה, בשעה 13:00 החלו מאות שוטרים ולוחמי מג"ב בפריצה לבית הכנסת. המתבצרים פתחו מטף כיבוי אש, יידו מוטות ברזל, קרשים, פצצות צבע ובקבוקים - 17 שוטרים נפצעו.
כשעה לאחר הפריצה השתמשו השוטרים בגז מדמיע נגד המתבצרים והחלו לפנותם מבית הכנסת, תוך שהם משתמשים גם בזרנוקי מים כדי להדוף את הנערים. חלק מהמתבצרים יצאו כשהם פצועים ומדממים, מה שמלמד על האלימות שהתחוללה בפנים. במקביל, החלו השוטרים לפנות את תשמישי הקדושה מבית הכנסת.
כעבור כשעה כלל המתבצרים הוצאו מבית הכנסת והמשטרה הכריזה על שליטה באזור בית הכנסת.
בשעה 14:50 נמסר מהמשטרה כי "לפני דקות אחדות הושלם פינוי בית הכנסת בעמונה, ובדקות אלה פועלים השוטרים להרחיק את אחרוני המסתגרים והצעירים הנוכחים במקום ולהעלותם לאוטובוסים. בשעה זו מאפשרת המשטרה לראשי הקהילה להוציא באופן מכובד את תשמישי הקדושה.
"במהלך הכניסה למתחם השוטרים נתקלו בהתנגדות עזה, שכללה אלימות קשה במיוחד השלכת אבנים, מטפי כיבוי, בקבוקי צבע קרשים ואמצעים נוספים לעבר השוטרים. עד כה כ-17 שוטרים נוספים נפצעו במהלך הכניסה למתחם, שמתווספים ל-24 שוטרים שנפצעו עד כה.
מהמשטרה נמסר עוד כי "כנגד כל פעולות אלימות המשטרה תפעל באופן נחוש ובלתי מתפשר ותמצה את הדין כנגד פורעי החוק".
במשטרה הציגו תרסיס גז פלפל "שאותו ריססו המתפרעים לעבר השוטרים", ציינו כי :מספר שוטרים אף נפגעו מהגז ונפצעו באורח קל", והדגישו כי "בניגוד לפרסומים, לא בוצע אף שימוש באמצעים מסוג זה מצד השוטרים".
השוטרים החלו תחילה בהסרת הביצורים שהקימו הצעירים בפתח בית הכנסת, בהם לוחות ברזל וקרשים, כשהם מצוידים במגני גוף ועיניים, בשל החשש מידויי אבנים והתזת אקונומיקה. השוטרים הגיעו לפתח בית הכנסת כשהם מלווים בכבאים שמצוידים בכלי ריתוך כדי לפרוץ פנימה.
צפו: בית הכנסת לאחר פריצת הכוחות
הצעירים בבית הכנסת התיזו מטף מיד עם כניסת הכוחות ובכך עיכבו בעוד מספר דקות את כניסת השוטרים, כמו כן השליכו סיד לעבר הכוחות, מוטות ברזל, בקבוקים ופצצות טבע על השוטרים, 17 שוטרים נפצעו באורח קל.
מהמשטרה נמסר כי "במהלך הכניסה למתחם השוטרים נתקלו בהתנגדות קשה ואלימה במיוחד שכללה השלכת אבנים , מטפי כיבוי, בקבוקי צבע קרשים ואמצעים נוספים לעבר השוטרים. אמצעים שהוכנו מבעוד מועד על מנת לפגוע בשוטרים ולמנוע את מהלך הפינוי. עד כה שמונה שוטרים נוספים נפצעו במהלך הכניסה למתחם, שמתווספים ל-24 שוטרים שנפצעו עד כה".
צפו: התזת גז מזמיע בתוך בית הכנסת
עוד נמסר מהמשטרה כי "התנהגות זו מעידה שפורעי החוק אינם מכבדים את המקום בו הם שוהים ולבטח שלא את ההנהגה המקומית. נדגיש כי מדיניות האיפוק תימשך כל זמן שלא ינקטו פעולות אלימות שתכליתן פגיעה בכוחות הביטחון הפועלים במקום. כנגד כל פעולות אלימות המשטרה תפעל באופן בלתי מתפשר ותמצה את הדין כנגד פורעי החוק".
בתגובה לאירועים האלימים בבית הכנסת, אומר השר לביטחון פנים גלעד ארדן כי "המתבצרים בבית הכנסת הם חוליגנים הראויים לכל גנאי שמבזים את היהדות ואין להם שום כבוד לדת, בית כנסת ורבנים. מצפה מהמשטרה לפעול בנחרצות לפנותם".
בשעות האחרונות ובמהלך הלילה התנהלו שיחות עם הנערים מתוך מטרה להימנע מפינוי אלים של בית הכנסת ומתמונות של חילול הקודש, כאשר גם כעת, למרות הפריצה לבית הכנסת, הפינוי הפיזי של המתבצרים מתנהל לאיטו.
בשעה 12:00 החליטו השוטרים על הפסקת ההידברות ופריצה לבית הכנסת.
צפו: המתבצרים בתוך בית הכנסת
קודם לכן, ראש מטה המאבק, אביחי בוארון, ניהל שיחות עם הנערים כשהוא מעביר אליהם מסרים מהקצין המפקד על כוח הפינוי, כדי למנוע פינוי אלים.
לנערים הושמעה הקלטה של הרב דב ליאור, בה ביקש מהם לאפשר להנהגת עמונה להיכנס לבית הכנסת כדי להרגיע את הרוחות.