הרב יעקב שפירא, ראש ישיבת מרכז הרב, תקף בחריפות את המשתמשים בכספי "הקרן לידידות". כך מפרסם הערב (שני) אתר "סרוגים".
בשיחה שנשא בישיבה, אמר הרב: "מפעם לפעם עולה מחדש השאלה האם אפשר לקחת כסף מ"הקרן לידידות" שמי שעומד מאחוריה הם קבוצה נוצרית-מסיונרית".
הרב הביא עדות מאביו, הרב הראשי לישראל הרב אברהם שפירא זצ"ל שהיה ראש ישיבת 'מרכז הרב', ואמר: "אבי מורי זצ"ל יצא בתקיפות רבה ואמר שאסור ליטול מהם כלום. אחד מראשי הקרן הופיע פעם בביתנו ונאלץ לעזוב בבושת פנים, ואבי מורי זצ"ל אף כתב על כך מכתב גלוי לאחר הרבנים בצפון הארץ".
הרב סיים את דבריו בהשוואה בין קבלת כספים מ"הקרן לידידות" לחטא המרגלים: "לצערנו, ישנם אנשים שמחפשים היתרים בכל מיני הסברים שונים ומשונים. וכי מישהו שמקבל מהם כסף יוכל לומר בודאות שלא יושפע מהם בכלשהו? הרי המרגלים 'באותו שעה היו כשרים', ואחר כך, כמו שהסביר המהר"ל, כשנהיו שלוחים של רשעים - הפכו אף הם לרשעים".
"…כשהאדם לא רוצה משהו מסוים, אז גם אם יראו לו בנסי-נסים שקורה משהו - זה לא יעזור כלום. הוא תמיד יהיה מושפע מהדעה הקדומה שלו, הוא תמיד 'משוחד'".