ברק הוציא, בוגי החזיר: לאחר שהוצאה ממסלול ישיבות ה'הסדר' בשנת 2009 במסגרת המאבק בסרבנות, החליט שר הביטחון הנוכחי משה בוגי יעלון להחזיר את ישיבת 'הר ברכה' למסלול ה'הסדר'.
על פי גורמים במערכת הביטחון, ההחלטה להשיב את הר ברכה למסלול ישיבות ההסדר, הגיעה לאחר שיחות שנערכו עם בכירים בישיבה, במהלכן הבהירו הבכירים כי הישיבה מתנגדת לסרבנות.
באיגוד ישיבות ההסדר, בירכו כצפוי על הצעד עליו החליט שר הביטחון יעלון, ואמרו: "יש אמירה ברורה של מערכת הביטחון כנגד המלעיזים והמתקיפים את ההסדר".
כזכור, ההחלטה להוציא את הישיבה ממסלול ישיבות ההסדר הגיעה לאחר שבוגרי הישיבה הניפו שלטים התומכים בסרבנות במהלך אירוע השבעה של חיילי חטיבת כפיר.
על פי הטענות באותה תקופה, הרב אליעזר מלמד, ראש הישיבה, היה זה שבעצם עודד את תלמידי הישיבה לדבוק בסרבנות.
שר הביטחון אהוד ברק, אמר באותם ימים: "מעשיו ודבריו של הרב מלמד מערערים את יסודות הדמוקרטיה הישראלית, הם שעודדו והסיתו חלק מתלמידיו לסרבנות, להפגנות, ולפגיעה ברוח צה"ל ואין להם מקום במדינה מתוקנת".