בצל הפילוג, מאשימים גורמים בחסידות גור וטוענים כי לאורך השנים, היה זה הגר"ש אלתר שהתבטא רבות נגד האדמו"ר ונגד התקנות שייסד לקהל חסידיו.
אחת מהתקנות המוכרות בחסידות, הוא ה'שעה הלכה' - הוראת האדמו"ר לכלל החסידים ללמוד מידי יום שעה אחת ברציפות הלכה, מתוך ספר משנה ברורה.
האדמו"ר מקפיד על כך מאוד, ורבים מחסידי גור, בעיקר בחורים, נשאלו על ידו במהלך השנים בעת שנכנסו לקודש פנימה כדי להתברך, האם הם לומדים "שעה הלכה".
בנוסף, בזמני התפילות בבית המדרש הגדול בירושלים ובשטיבלך ברחבי הארץ, קובעים הפסקה של שעה, כולל בתפילות ליל שבת, על מנת ללמוד הלכה.
גורמים בחסידות גור מציינים כי האדמו"ר התבטא בעבר כי החפץ חיים הוא רבו המובהק וכי הוא מקפיד מזה עשרות שנים על לימוד המשנה ברורה מדי יום. כמו כן מציינים כי בכ"ד אלול יום ההילולא של החפץ חיים האדמו"ר לא אמר תחנון כפי שנהוג בחסידות ביחס לאדמו"רי החצר.
בהקלטה, שהגיעה לידי 'כיכר השבת', נשמע הגר"ש אלתר כשהוא מסביר במהלך שיחה שמסר בפני אברכי כולל, מדוע לא ניתן להסתפק בלימוד משנה ברורה, שכן כיום, זה לא נחשב הלכה למעשה.
יודגש, במהלך ההקלטה לא מתייחס הגר"ש כלל לתקנת האדמו"ר אך הקונטקסט, ההקשר של הדברים - ברור.
בפתח דבריו, מצטט הגר"ש, "בהקדמה למשנה ברורה כתוב שעיקר לימוד האדם צריך להיות בלימוד המביא לידי מעשה, וחלק אורח חיים מוקדם לכל".
"קודם כל, חז"ל אמרו אדם לומד במקום שליבו חפץ, ומקום הכוונה גם אצל איזה רבי שהוא רוצה, וגם למסכת שהוא רוצה ללמוד. אי אפשר להגיד רק משנה ברורה".
הוא מסביר מדוע לא ניתן לחייב את כולם ללמוד רק משנה ברורה: "לא קל לזכור, לא קל להקיף והסיפוק שיהיה מזה - לא לכל אחד יכול להיות סיפוק מללמוד רק משנה ברורה".
"צריך לדעת הלכה למעשה, אבל מי שלוקח ספר כמו חיי אדם וקיצור שולחן ערוך וילמד בעל פה, הוא לא יטעה אבל אם מישהו ישאל אותו - לא יידע לענות. כך גם במשנה ברורה, כל מיני מכשירים חשמליים חדשים שיצאו, לא יכול להיות שימצאו תשובות להכל במשנה ברורה".
הגר"ש אלתר מבהיר בדבריו, כי "מי שילמד רק משנה ברורה, לא יידע את כל ההלכות איך לנהוג למעשה".
גורמים בסביבת ראש ישיבת שפת אמת הבהירו בשיחה עם 'כיכר השבת' כי אין פירוש הדברים כי הגר"ש מתנגד ללימוד משנה ברורה, אלא להחלטה לחייב את כולם ללמוד רק משנה ברורה.