הרבנים הראשיים לישראל, נשיא בית הדין הרבני הגדול הראשל"צ הגאון רבי דוד יוסף, ונשיא מועצת הרבנות הראשית לישראל הגאון רבי קלמן בר, פנו אל נשיא המדינה יצחק הרצוג בבקשה שיהיה קשוב לרחשי לבם של העם ויפעל בעניינו של הנגד א׳.
במכתבם, המתפרסם הערב, הדגישו הרבנים הראשיים כי ״מובן שאין אנו מביעים דעתנו כלפי ההחלטה השיפוטית, אך מהתגובות שאנו חווים מהציבור אנו יכולים להביע את עמדתנו״.
יחד עם זאת ציינו כי מתוך פגישות עם ציבור גדול עולה כי "הנושא גורם לקרע עמוק וקשה בין קהלים במדינה". עוד ציינו כי ממה שפורסם "רבים כבר פנו אל כבודו שיפעיל סמכותו ויחון את מי שראוי לחננו".
הרבנים ציינו כי מוסד הנשיאות מהווה קונצנזוס בעם ישראל, והנשיא באישיותו המקובלת על כלל חלקי העם יכול להוביל מהלך המאחד את העם, בפרט לאור החרטה הפומבית אותה הביע הנגד א' באמצעות עורכי דינו במספר פעמים לאחרונה.
בסיום מכתבם תלו הרבנים הראשיים תקווה כי הנשיא יפעל בכוחו "אנו משוכנעים שהחלטה על חנינה תתקבל בהערכה ובאהדה ובהבנה בכל שכבות החברה הישראלית שזקוקה בימים אלו יותר מכל לשלום ביננו".
ביום חמישי האחרון הגיש הנגד א', במקביל להתדרדרות במצבו, בקשת חנינה מנשיא המדינה הרצוג. בפניה שהועברה באמצעות עורכי דינו אורי קורב, סיון רוסו ויהושע למברגר, נאמר כי ״עניינו של א׳ מעמיד נסיבות מיוחדות, אישיות, משפטיות וציבוריות המחייבות את התערבותו של כבוד הנשיא בחנינתו המיידית, עוד בטרם הסתיים ההליך המשפטי בעניינו״.
בבקשת החנינה מפרטים עורכי הדין את עברו של א׳ ואת העובדה ששירת במסירות בצה״ל כעשור באגף המודיעין בתחומים רבים והתנדב רבות למען הקהילה. הם מזכירים את קביעת בית המשפט המחוזי כי ״כל בקשתו של א׳ הייתה ונותרה העברת חומר ומידע שיגיע לראש הממשלה מתוך מטרה שהדבר יסייע לו בקבלת החלטות על בסיס מידע מלא ככל האפשר״.
עורכי הדין אף מפרטים את האפליה שננקטה נגד א׳ במקביל לפרשות אחרות בהן הואשמו אזרחים בעבירת ריגול חמור - מסירת ידיעה סודית מתוך כוונה לפגוע בבטחון המדינה ללא שנקבע לגביהם החלטה דרקונית של מעצר עד תום ההליכים, כשמול מקרים אלו הנגד אשר לא מואשם בסעיף חמור זה נדון למאסר עד תום ההליכים.
בנוסף מציינים עורכי הדין באשר להחלטת שופט העליון שטיין לפיה הנגד כביכול מוסיף לראות את עצמו כמי שיכול להעביר מידע נוסף לגורמי הממשלה, כי ההיפך הוא הנכון, ״עולה בבירור כי א׳ מבין שהוא טעה, מודע בטעותו למד את הלקח ומתחרט על כך חרטה גמורה. א׳ מבין שחרף הדחיפות שזיהה בעניינה של הידיעה בעניין המשא ומתן, וחשיבותו האקוטית של המסמך המחקרי שהעביר, היה עליו להביא את העניין לידיעת מפקדיו ולפעול דרכם להעברת המידע״. עורכי הדין ציינו כי לא בכדי קבע בית המשפט המחוזי כי הנגד הבין את הפסול שבמעשיו ולא יהין לחזור עליהם.
עורכי הדין ציינו בבקשת החנינה כי א׳ עצור ״בתנאים קשים ומשפילים״ וכי ״אי עצירת כדור השלג המתגלגל בעניינו של א׳ תגרור חוסר אמון וקרע חסר תקדים בין הציבור למערכת החוק והאכיפה, עד לכדי מצב בו הציבור עלול לחשוש כי שיקולים זרים ובלתי עניינים משמשים בעניין. כל אלו בנפשנו כחברה ונוכח זאת נבקש את חנינתו מידי כבוד הנשיא כבר עתה״.