הבוז העמוק המהדהד שנים ברחבי השמאל הכפרני לגבי קבר יוסף, מיקומו, ומידת אמיתותו - חדר למחננו. טרם יבש דמו של הקדוש בן יוסף לבנת הי"ד וכבר אץ לו רץ לו מומחה מטעם עצמו לקבוע כי קבר יוסף דהיום אינו מקום קבורת יוסף.
אם תמיד אלו היו אנשי השמאל הרדיקלי שולה אלוני ישעיהו ליבוביץ´ ויוסי שריד שהכחישו את הקשר בין המסורת למיקום מתוך מניעים זרים במטרה לעקור ולנתק את היהודים מהקשר הרוחני לארץ ישראל ההיסטורית ולמוסרה בידי מרצחים, הרי שעתה מי שמכונה בשם "רב" הצטרף אל הערב רב במלחמתם בקשר בין עם ישראל לארצו המבוסס על שלושת המקומות: הר הבית, קבר יוסף, ומערת המכפלה עליהם אין אומות העולם יכולים לומר "גזולים הם בידכם"(בראשית רבה ע"ט, ז).
יאמר ברורות: להבעת דעה תורנית על עצם הכניסה למקום סכנה בו חיות דו -רגליות עם נשקים שלופים יש מקום והגיון, אך לעצם הפקפוק בעובדת קבורתו של יוסף במיקומו הנוכחי אין מקום כלל.
אבי מורי הרב יעקב יוסף שליט"א אסר מאז ומעולם להכנס ליוסף הצדיק ללא אישור הצבא וכך הורה לתלמידיו, לעומת זאת השתדל להצטרף לכניסות באבטחת צה"ל כפי שעשו רבים וטובים כולל גדולי הרבנים שאיש מהם לא הטיל פקפוק בציון מקום קבורתו.
עצמות יוסף נקברו בשכם כפי שמתואר בספר יהושע: "וְאֶת עַצְמוֹת יוֹסֵף אֲשֶׁר הֶעֱלוּ בְנֵי-יִשְׂרָאֵל מִמִּצְרַיִם, קָבְרוּ בִשְׁכֶם, בְּחֶלְקַת הַשָּׂדֶה אֲשֶׁר קָנָה יַעֲקֹב מֵאֵת בְּנֵי-חֲמוֹר, אֲבִי-שְׁכֶם, בְּמֵאָה קְשִׂיטָה" (יהושע כ"ד לב). ברור כי במשך התקופה מהכניסה לארץ וקבורתו השנית בשכם ועד חורבן הבית השני נשתמרה המסורת לגבי מיקום קבורת יוסף כמו גם לגבי שני המקומות הנוספים שנקנו בכסף מלא: הר המוריה, ומערת המכפלה. גם לאחר חורבן בית שני (68 לספירה) שהו יהודים בארץ ישראל. גם לאחר תקופת מרד בר כוכבא שדוכא בשנת 136 לספירה שהו יהודים בארץ ישראל לפי תיאורי חז"ל, לאורך כל התקופות התקיימה נוכחות יהודית בארץ ישראל אם במגורים ואם במסעות.
בליבותם שמרו את המקומות המקשרים היסטורית את העם לארצו בתקווה לעתיד ובצפיה לגאולה, וכך עברה לה המסורת מדור לדור. הרי מי ירצה לפקפק ביהדותו של מאן דהו, יענה הוא: "מיוחס אני מדורי דורות" ואיש לא יכחיש, כך גם קברו של יוסף מיוחס מדורי דורות. גם אם הכפתור ופרח שחי במאה ה-14 נמנע מללכת על קברו בכל אופן לא כתב שאינו יודע את מיקומו
קדם לו רבי בנימין מטודלה שבשנת 1,165 יצא למסע ותיאר ביקור בקבר יוסף.
בעקבות הרצח נשמעו ג"כ קולות מחלקים מתנשאים בציבור החרדי שבכלל בזים למנהג לפקוד קברי צדיקים ולהתפלל שבזכותם ניגאל מצרות הכלל והפרט. מקורות אין להם - אלא אם הם מסתמכים על מנהיג הקראים לפני כאלף שנה: סהא בן מצליח, שלגלג על "היהודים התלמודיים ההולכים להתפלל על קברי צדיקים", כמו גם ישעיהו ליבוביץ´ שבז בשיטתיות למנהג ההשתטחות על קברי צדיקים. בן תורה אמיתי המעיין בספרים הקדושים ואינו יונק משדות הסט"א ידע כי ערך רב לתפילה על קברי צדיקים.
רחל אמנו נקברת בדרך בית לחם להיות מקום תפילה בעת יציאת בניה לגלות שבזכות תפילתה יגאלו וישובו בנים לגבולם (רש"י בראשית, ע"פ בראשית רבה פ"ב - י"א, פסיקתא איכה רבתי כ"ד) וכן כלב בן יפונה שהעתיר בתפילה על קברי אבות בחברון להנצל מעצת מרגלים שמאסו בארץ חמדה (סוטה ל"ד) וכן בתעניות מתפללים על קברי צדיקים (תענית ט"ז, שו"ע תקע"ט ומשנ"ב שם)ומסופר על רבי יהושע בן חנניא שהשתטח על קברי בית שמאי(חגיגה כ"ב, קהלת רבה י´-י"ג) וכן מסופר על רב חביבא שהתפלל על קבר רבי חייא שיחזור מאור עיניו וחזר(ב"מ פה:) ומעשה כעין זה קרה עם מו"ז רבנו עובדיה יוסף שליט"א בקברו של מרן הבית יוסף עת נטשטשה ראייתו ולא יכל לעסוק בתורה כחפצו והלך לקברו של רבי יוסף קארו זצ"ל והעתיר בתפילה ובקשה ושב מאור עיניו ויהי לפלא.
ובזוה"ק מובא ( פרשת שמות דף ט"ז ע"ב) שאלמלא תפלת המתים לא היו החיים מתקיימים בעולם.
וכתב המהרי"ל (הובא ב"משנה ברורה" הלכות ראש השנה תקפ"א סימן י"ז ב"באר-היטב") "בית הקברות הוא מקום מנוחת הצדיקים. ומתוך כך הוא מקום קדוש וטהור, והתפילה מקובלת ביותר". וכתב "מגן האלף": זכות גדולה היא להשתטח על קברי הצדיקים וטוב ומועיל מאוד הדבר הזה, שעל ידי זה יכולים לזכות לתשובה שלימה ולהינצל מכל הצרות בגשמיות וברוחניות"!
הגדיל לעשות הגאון מוילנא שאמר: "עיקר השראת השכינה בדורותינו אלה – בקברי צדיקים"! (מובא ב"לשם" חלק ב´ בשם הגר"א) ועוד כתב בעניין זה רבי נחמן מברסלב: "על-ידי השתטחות על קברי צדיקים, הקדוש ברוך הוא עושה לו טובות אף על פי שאינו ראוי לכך!" (ספר המידות ערך "צדיק" סעיף קע"ג) דבר זה מבאר רבי נתן תלמידו, מבואר מן הפסוק בתהילים (ט"ז ב´ ג´) "טובתי בל עליך לקדושים אשר בארץ המה" ופירושו, כותב רש"י: "טובתי בל עליך – טובות שאתה עושה לי, לא עליך הם לגמלני, כי לא בצדקתי אתה מיטיב לי (שעל פי מעשי אינני ראוי, אלא זכותי היא בכח) "לקדושים אשר בארץ המה" – בשביל הקדושים אשר המה קבורתם בארץ. הנה כי כן, על-ידי השתטחות על קברי הצדיקים, והתפילות והבקשות בכוחם ובזכותם, הקדוש ברוך הוא עושה לו טובות עף על פי שאינו ראוי לכך".
והביא הרמ"א (סימן תקפ"א) דיש נוהגין לילך בערב ראש השנה להשתטח על קברי צדיקים ונותנים שם צדקה לעניים ומרבים בתחנונים לעורר הצדיקים שימליצו טוב בעדנו ביום הדין, ועוד כי מקום קבורת הצדיקים הוא מקום קדוש וטהור והתפילה מקובלת שם ביותר בהיותה על אדמת קודש(וע"ע בבא"ח פר´ נצבים, כף החיים תקפ"א ס"ק צ"ה, ומשנ"ב תקפ"א ס"ק כז).