סוגיית (אי) קבלת התלמידים האתיופים למוסדות החינוך, עמדה במרכזו של משבר פתיחת שנת הלימודים בפתח תקווה, משבר שהגיע עד לשולחנו של בג"ץ. הבעיה, שעלתה לראש סדר היום התקשורתי, נפתרה רק ברגע האחרון, כשעיריית פתח תקווה והוועדה המיוחדת שהוקמה לעניין זה, הודיעו כי העניין סודר, וכי כל התלמידים התקבלו למוסדות לימוד והחלו את לימודיהם כסדרם.
במסגרת אותו הסדר, הודיעה עיריית פתח תקווה, כי רשת החינוך של ש"ס תקלוט אל מוסדותיה כ-30 תלמידים אתיופים.
כעת טוענים פעילים חברתיים בעיר, כי "ש"ס פעלה בניגוד גמור להתחייבות הנ"ל, וכי בפועל - למעט שישה ילדים שהתקבלו לשלושה בתי ספר שונים של הרשת - שניים לכל בית ספר, שלחה רשת החינוך את כל שאר הילדים ללמוד בבתי הספר של שובו, נתיבות משה, וחב"ד, העיקר לא ברשת החינוך של ש"ס".
"ההתנהגות הזו" מאשימים אותם פעילים, "עומדת בניגוד גמור לפסק דינו של הרב עובדיה יוסף והרב עמאר כי המדובר ביהודים לכל דבר, גם רמת דתיותם אינה עומדת בסתירה לרמה הנהוגה בבתי הספר הנ"ל, שהרי חלקם של אותם הורים אתיופים הינם אברכים, ולמרות כן ילדיהם לא התקבלו. מה הם רוצים, שהילדים הללו ילכו לבתי ספר ממלכתיים?", והם קובעים: "ש"ס גזענית כלפי האתיופים".
ומה אומרים ברשת החינוך? מנכ"ל הרשת בפתח תקווה הרב יוסי בוסו, דוחה מכל וכל את הטענות: "רשת החינוך של ש"ס קלטה וקולטת תלמידים אתיופים יותר מכל מוסד אחר בעיר. מדובר באחוזים כמעט כפולים מהמוסדות הממלכתיים של הדת"ל, ובוודאי יותר מהמוסדות הפרטיים. את זה אנו עושים ללא שום לחץ מאף גורם, ורק בגלל שאנו הולכים לאורו של מרן הרב עובדיה יוסף שהנחה אותנו לעשות מאמץ ולשלב אותם".
האם קיבלתם את התלמידים שהתחייבתם? "למרות שעוד קודם לכן קלטנו כבר תלמידים כאלו, הסכמנו לעשות מאמץ נוסף בכדי לסייע בפתרון הבעיה. ואכן, כל מי שהתאים למוסדות שלנו התקבל, ללא שום בדיקה של צבע העור. את מי שלא התאים, דאגנו אנו לשלב בבית ספר המתאים לו. לא זרקנו שום ילד לרחוב, כל הילדים מסודרים היטב במקומות מתאימים".