מידי יום לאחר התפילה בבית מדרשו של זקן חברי מועצת חכמי התורה הגאון רבי שמעון בעדני, נוהג הגר"ש יחד עם המתפללים להעתיר בתפילה באמירת ה'יהי רצון' שתיקנו גדולי ישראל נגד גזירות הממשלה.
כזכור, גדולי ישראל יצאו בקריאת קודש הקוראים להעתיר בתפילה בכל עת ובעיקר בשעת פתיחת ההיכל נגד הגזירות הרוחניות של הממשלה.
בתפילה שתוקנה על ידי נשיא מועצת חכמי התורה, ראש הישיבה הגאון חכם שלום כהן וגדולי ישראל נכתב: "ותצילנו מכל גזירות קשות ורעות ומכל מבקשי הריסת הדת ופגיעה בטהרת וקדושת ישראל, עד מתי רשעים ה', עד מתי רשעים יעלוזו".
גם בביתו של נשיא מועצת חכמי התורה הגר"ש כהן מציינים כי הרב נוהג לומר את התפילה בפתיחת ההיכל בשני וחמישי ושבת, בשבוע שעבר פרץ נשיא המועצת בבכי באמירת התפילה נגד גזירות הממשלה.