שר החינוך, גדעון סער התייחס אמש לפרשיית עמנואל, בראיון למהדורה המרכזית בתחנת הרדיו החרדית "קול ברמה" עם אבי מימרן.
שר החינוך אמר כי "אי אפשר לתת אישור למוסד פטור באמצע שנת הלימודים, כאשר בית המשפט קובע שהתלמידים צריכים ללמוד יחד, לא ניתן לתת אישור למוסד פטור".
לגבי שנת הלימודים הבאה אמר סער: "אינני יכול להבטיח שאתן, אינני יכול להיות ערב לכך התבטא אתמול השופט מלצר בצורה ששוללת מתן מעמד של מוסד אם פסק הדין לא יקוים, אני לא נמצא בשלב כרגע שאנחנו עוסקים בזה, נדרש לסוגיה הזאת בשלב יותר מאוחר"
בנוגע לטענות כלפי משרד החינוך על כך שבג"צ בעצם לא פתר את בעיית האפליה אלא מבקש להתערב בחינוך עצמו, ומשרד החינוך לא מגן על החינוך העצמאי הוסיף סער כי "העובדה שיש פסק דין בסוף היום הוא מחייב את כולם, ובוודאי שהוא מחייב גם את האוכלוסיה החרדית".
באשר לפתרון שהוצע לקצר את שנת הלימודים טוען שר החינוך כי "הפתרון הזה חסר יסוד, והיועץ המשפטי לממשלה אמר שזה עקיפה של פסק הדין, כל מי שרוצה לברוח מהצורך לקיים פסקי דין בא להמציא המצאות שאין להם שחר".