בשבועות האחרונים גורמים שונים מרבים לתקוף את הרב יעקב כהן, בנו ומקורבו של נשיא מועצת חכמי התורה, ראש הישיבה הגאון חכם שלום כהן. במרכז הביקורת: הדלפת הקלטת השיחה בינו ליו"ר ש"ס השר אריה דרעי, הקלטה עליה התנצל דרעי והרב כהן הגיש תלונה במשטרה בטענה כי מדובר ב'הקלטת סתר'.
ל"כיכר השבת" נודע כי ברקע הביקורת, נשיא מועצת חכמי התורה הגר"ש כהן הגיע בימים אלו לשהות בביתו של בנו הרב יעקב ברחוב הקבלן 45 בירושלים, במה שנראה כהבעת אימון ותמיכה בבנו.
כמו כן, ל"כיכר השבת" נודע כי בשבת הגיע יו"ר ש"ס השר אריה דרעי להתפלל בביתו של הרב יעקב כהן במניין מיוחד שאורגן עבור נשיא המועצת. בתפילה השתתפו השר לשעבר אריאל אטיאס וסגן השר משולם נהרי.
גם הבוקר, ראש חודש כסליו, הגיע השר דרעי להתפלל בבית הרב יעקב כהן, וכובד לעבור לפני התיבה.
כאמור, העובדה שנשיא המועצת מגיע לשהות ימים ארוכים בבית בנו הרב יעקב כהן, וראשי ש"ס עולים להתפלל בביתו, מלמדת על הבעת תמיכה פומבית של האב בבנו, למרות הביקורת נגדו בימים אלו.