היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, מצטרף לטוענים כי קיימת אפלייה קשה לטובת מוסדות החינוך התורניים בירושלים, רגע לפני שהוא מסיים את תפקידו. לפני כשבועיים הוא הודיע לבית הדין לעניינים מנהליים בעיר כי הוא "מסמיך כל פרקליט מפרקליטות המדינה" להיות נציגו בעתירה נגד העירייה שהגיש "המרכז לפלורליזם יהודי", בטענה לפגיעה קשה בעקרון השוויון.
עיריית ירושלים, טוענים אנשי המרכז, מפלה את בתי-הספר הערביים בעיר. בעוד שמוסדות חרדים רבים מקבלים מימון מלא, חרף העובדה שלא נערכים בהם לימודי הליבה, בתי-הספר הערבים מתמודדים עם קשיים תקציביים. על-פי החוק, יש להעניק למוסדות כאלה עד 75% מימון, ולא יותר מכך.
באתר ynet דווח כי היועץ המשפטי לעיריית ירושלים, עו"ד יוסי חביליו, פרסם גם הוא חוות דעת התומכת בעמדה כי המהלך פוגע בעקרון השוויון. אבל ראש-העיר, ניר ברקת, בחר להתעלם ממנה וניזון מחוות דעת של עורך-דין פרטי ביוזמת סגן ראש-העיר, יצחק פינדרוס.
חברי הסיעות החילוניות שמתנגדות למהלך, טוענות כי ההחלטה על המימון התקבלה במחטף. חברת מועצת העיר מטעם מרצ, לורה ורטון, שגרה לברקת מכתב שבו הביעה תרעומת על "ההחלטה המבזה שהתקבלה לגבי מימון מוסדות החינוך".
לדבריה, "רשתות 'מעיין החינוך התורני' ו'החינוך העצמאי' הם מוסדות חינוך בהם לא נלמדים אזרחות, היסטוריה ואנגלית. רמת המתמטיקה בהם ירודה ביותר. התקציבים שיופנו למוסדות אלה יילקחו ממוסדות ראויים הרבה יותר - של החינוך הממלכתי, שזקוקים נואשות למשאבים".