על רקע העברת התקנות שמסדירות את מעמד תלמידי הישיבות, נחשף- לראשונה ב"כיכר השבת" - מסמך היסטורי נדיר, מתאריך א' אייר תש"ח, ארבעה ימים לפני ההכרזה על הקמת המדינה ופרוץ מלחמת העצמאות, כשהמצב הביטחוני, בארץ בכלל ובירושלים בפרט, היה מתוח במיוחד, נחתם הסכם בין "מרכז המפקד לשירות העם" שהוא הבסיס של "צה"ל", לבין ראשי הישיבות חברי "ועד הישיבות" ועוד מגדולי ישראל להסדרת מעמד בני הישיבות מול הצבא, עליו חתם גם באורח נדיר בשיתוף פעולה עם כל חלקי היהדות החרדית, גאב"ד "העדה החרדית" הגרי"צ דושינסקי זצ"ל.
מטעם הצבא חתום על המכתב המפקד מאיר רבינוביץ (בץ), שבתקופת מלחמת העצמאות שירת בתפקיד קצין הנדסה של החי"ש בירושלים הנצורה. חמ"ל מבצע יבוס היה בביתו והוא היה אחראי על תכנון דרכים לאספקת צורכי תושבי ירושלים, ה"כוח" שבו הסתייע היה כוח מאולתר שכלל תלמידי ישיבה, מבוגרים שלא יכלו להילחם ואחרים שיכלו לסייע בביצור העיר.
ההסכם מביע עם תחילתו את ההכרה שכל בני הישיבות פטורים משירות צבאי, אולם ככל הנראה החשש מפני הסכנה בירושלים, הביאה את גדולי הרבנים להגיע להסכם כהוראת שעה על ימי אימונים לצרכי הגנה של כלל בני הישיבות בירושלים למעט מספר בני ישיבה מצויינים שיקבלו החרגה מהרבנים הראשיים, וכן הוסכם בו על שירות של בחורים מעל גיל 23 בתפקידי שמירה והגנה בפלוגות דתיות מיוחדות.
יצויין כי השירות התקיים כמה חודשים בתיאום עם ראשי הצבא במסגרת "גדוד טוביה", בהמשך השנים שימש "הנחל החרדי" כממשיכו של גדוד זה.
בהסכם ההיסטורי, שהיווה את הבסיס להסדר "תורתו אומנותו" המשמש מאז ועד היום כדי לפטור את בני הישיבות משירות צבאי, הסכימו ראשי הישיבות וראשי הציבור החרדי מכל הזרמים, על ביקורת קפדנית של תלמידי הישיבות הזכאים לשחרור, וכן שלא למנוע התנדבות של בני ישיבות משירות צבאי פעיל בכל מסגרת שהיא ושהדבר לא יפגע בזכויותיהם כבני ישיבה בלא אפליה.
כמו כן הוסכם על ידי ראשי הישיבות שלא לקבל לישיבות בחורים שלא באים מתלמודי תורה לישיבה או שעוברים מישיבה לישיבה (סעיף שבמשך השנים הקשה על הסדרת מעמד בני ישיבה לבעלי תשובה וכדומה), זאת כדי לא למנוע את שירותם של הללו בצבא.
חתימתו של גאב"ד העדה החרדית הגרי"צ דושינסקי על המסמך, מהווה חתימה היסטורית במיוחד, שכן זו הפעם היחידה שבה ניאות גאב"ד העדה החרדית לחתום על מסמך אחד יחד עם הרבנים הראשיים לישראל, וזאת מעבר לעובדה שיש בה משום הסכמה של העדה החרדית לשירותם של אלו שאינם בני ישיבות בשירות צבאי מלא, וכן של התנדבות מרצון לשירות צבאי חופשי בלא לגרוע מזכויותיהם כבני ישיבות, לצד הסכמה חריגה לשירות מקוצר ואימונים לכלל בני הישיבות במסגרת מלחמת ההגנה על הקמת המדינה.
הנוסח המלא של המסמך
אחרי התייעצויות ודיונים מעמיקים בדרישה מצד מרכז המפקד לשרות העם לחייב את בני הישיבות בירושלים עיה״ק להתגייס לשרותי הבטחון בעיר זו - באו הרבנים הראשיים וראשי הישיבות לידי החלטה להציע את ההסדר הבא בהסכם בין הישיבות לבין מרכז המפקד לשרות העם בשאלה הנ"ל.
הסדר והסכם
א. הרבנים הראשיים, ראשי הישיבות והמרכז המפקד לשרות העם בירושלים קובעים באופן עקרוני ומוחלט, שבני - ישיבות פטורים מכל חובת גיוס ושרות בצבא.
ב. אולם, נוכח המצב החמור בשטח הבטחון כירושלים, המאיים ח"ו בסכנה מוחשית - מסכימים הרבנים וראשי הישיבות, כי חובת כל יהודי להחלץ להגנת העיר וקובעים, בתור הוראת שעה, את ההסדר הבא בנוגע לתלמידי הישיבות:
1) בני-הישיבה,שבגיל 17-22 (ועד בכלל) יקבלו אימונים במרוכז, במסגרת מיוחדת שתקבע לשם כך, במשך זמן שלא יעלה בשום פנים על שלושה ימים אימון מרוכז ו-24 שעות בחודש לכל היותר לשם חידוש הידיעות. עם קבלת האימונים יהיו פטורים מכל חובת גיוס, לא מלא ולא חלקי. מקום האימונים ייבחר בהסכמת ראשי הישיבות.
2) בני ישיבה, שבגיל 23 ומעלה יקבלו אימונים באופן הנ״ל , ולאחר ל'ג בעומר יתחייבו להתגייס לחיל משמר עירוני, בתפקידי שמירה בלבד, למשך זמן שלא יעלה על 15-12 שעות לשבוע. הם יימצאו תחת פיקוד דתי. ותפקידם ירוכז רק בירושלים, באיזורים מסויימים ובסביבותיהם, ולא יצאו לעמדות הקדמיות. השירות ייעשה מתוך הקפדה חמורה בנוגע לחוקי הדת והמוסר היהודי.
3) יוצא מכלל זה מספר בני ישיבה מצויינים, שפטורים מכל חובת גיוס, (אלה יקבלו אישור מיוחד מאת כבוד הרבנים הראשיים).
4) מגידי-שעור, מלמדים ומפקחים רוחניים - פטורים מכל חובת גיוס.
5) תועבר בקורת אישית קפדנית בין תלמידי הישיבות לשם קביעה סופית של אלה מהתלמידים, שיש להם הזכות הנ״ל.
6) ראשי הישיבות מסכימים ומתתייבים לבלי להפריע לכל התלמידים שיתנדבו מרצונם הטוב לצורות שירות פעילות יותר. לתלמידים אלה יישמרו כל זכויותיהם בישיבה, ללא אפליה.
7) כל תלמידי הישיבה יתיצבו בתחנת התיצבות מיוחדת, יעברו בדיקה רפואית ויקבלו כרטיס מתאים.
8) ראשי הישיבות מתחייבים לא לקבל תלמידים בגיל הגיוס, חוץ מאלה שעוברים מתלמוד תורה לישיבה או מישיבה לישיבה.
ג. בכדי להוציא לפועל את ההסדר הנ"ל מוקמת ועדה משותפת ומתמדת מראשי-הישיבות ומרכז המפקד לשרות העם בראשותם של הרבנים הראשיים.
ד. ההסכם הזה אינו ניתן לשום שינוי בלי הסכמת הועדה הנ"ל.
החותמים: הרב יצחק אייזיק הלוי הרצוג - הרב הראשי לישראל ונשיא ועד הישיבות; הרב בנציון מאיר חי עוזיאל - הראשון לציון; הרב יוסף צבי דושינסקי - גאב"ד העדה החרדית; הרב איסר זלמן מלצר - יו"ר ועד הישיבות; הרב יעקב משה חרל"פ - ראש ישיבות מרכז הרב; הרב יחיאל מיכל טוקצינסקי - ראש ישיבת עץ חיים; הרב אליעזר פינקל - ראש ישיבת מיר; הרב יחזקאל סרנא - ראש ישיבת חברון וחבר ועד הפועל של ועד הישיבות; הרב יעקב חנוך סנקביץ - ראש ישיבת גור וחבר ועד הפועל של ועד הישיבות; מאיר רבינוביץ - מפקד הצבא באיזור ירושלים בתקופת מלחמת העצמאות.