לקראת יום השנה השישי להסתלקותו של הגאון רבי יששכר מאיר זצ"ל, מקים עולה של תורה בדרום הארץ, מגיעים מאבקי השליטה בישיבת הנגב, "שכר שכיר" בנתיבות, לשיאים חדשים וגורמים למבוכה רבה ואי נעימות ששיאה בהחלטתו של הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף לבטל את השיעור שתיכנן לשאת לזכרו של ראש הישיבה זצ"ל.
בלוח המודעות של הישיבה נתלתה מודעה המכריזה: "הננו להודיע לציבור שוחרי התורה בעיר נתיבות כי ביום ב' יתקיים שיעור מפי מרן הראשון לציון הגאון הגדול רבי יצחק יוסף תלמיד רבינו מרן ראש הישיבה זצוק"ל בהיכל ישיבת "הנגב שכר שכיר" בשעה 7 בערב".
שעה קלה לפני תחילת השיעור נתלתה מודעה חדשה תחת הכותרת "להשכיחם תורתך!", שבישרה על ביטול השיעור בשל מחלוקת פנימית.
במודעה נכתב כי "מלשכתו של מרן הראשון לציון הגאון הגדול רבי יצחק יוסף נמסר לנו בצער כי התקבלה דרישה מנהלת עמותת ישיבת הנגב לבטל את השיעור בהיכל הישיבה".
יצויין כי במסגרת הוויכוח על השליטה במבנים קיימת כיום הישיבה תחת חסותה של ישיבת בית מדרש עליון ובה לומדים כ-200 תלמידים מבכירי עולם הישיבות הליטאיות אולם ברקע עומדת בקשה של עמותת ישיבת הנגב הטוענת להשתלטות שלא כדין ודורשת מהישיבה הקיימת להתפנות ממתחם הישיבה.
ההערכה הינה שהראשון לציון, למרות העובדה שהינו תלמידו המובהק של הגאון רבי יששכר מאיר זצ"ל, העדיף להימנע מנקיטת עמדה בסוגיה שבמחלוקת ועל כן ביטל את שיעורו המתוכנן.
"זהו חילול ה' נורא ואיום שבגלל מלחמה פנימית פוגעים בזכרו של ראש הישיבה זצ"ל ופוגעים בתורה הקדושה", אומר בכעס ל"כיכר השבת" אחד התלמידים בישיבה.
עם זאת, לדברי מקורבי הראשון לציון, מה שכתוב במודעה כי התקבלה דרישה מהעמותה אינו נכון וכי מדובר בהחלטה של הרב זאת לאחר שהתברר לו כי יש מחלוקת והוא לא רצה להכניס את ראשו בנושא כשאינו יודע מי מבין הצדדים צודק.