האקדמיה החרדית מגיבה ל"תכנית החילון" של המל"ג: כארבעה חודשים לאחר שפורסמה תכנית החומש של המועצה להשכלה גבוהה בנוגע לתחום האקדמיה החרדית, המכללות החרדיות שלחו בימים האחרונים התנגדויות לתכנית המל"ג. בין השאר, ל"כיכר השבת" נודע כי גופים העוסקים בשילוב חרדים באקדמיה ובתעסוקה התריעו כי ביצוע תכנית החומש תחסל למעשה את האפשרות ללימודי חרדים באקדמיה.
במסמכי תגובה לשימוע הציבורי של תכנית החומש של המל"ג ששלחו במכון החרדי למחקרי מדיניות ובקרן קמ"ח והגיעו ל"כיכר השבת", נטען כי מהתכנית נשקפת סכנה להמשך לימודי האקדמיה לחרדים, זאת מאחר והמל"ג למעשה מתכננת לחייב את הסטודנטים החרדים לעבור לכיתות מעורבות בהמשך הלימודים ולחסל באופן מוחלט את לימודי התואר השני.
במסמכים, מסבירים המגיבים כי בעוד במל"ג אולי סבורים כי החרדים שהחלו לימודים באקדמיה ימשיכו אותם בכל מחיר, למעשה הציבור החרדי לא ימשיך את הלימודים באקדמיה אם המחיר לכך יהיה פגיעה בעקרונות הדתיים - מה שיוביל להערכת המתנגדים לירידה דרמטית בשיעור שילוב החרדים בשוק העבודה בישראל.
במקביל, מתריעים הגופים החרדים כי נהלי המל"ג לקביעת 'מיהו חרדי' פוגעים בקהלים נרחבים של כ-20 אחוזים מהמשתתפים בשוק העבודה. כך למשל, נפגעות קהילות החוזרים בתשובה שלמדו במוסדות חינוך יסודיים רשמיים (ממלכתי דתי או ממלכתי), כמו גם חסידי חב"ד ונשים מחסידות צאנז שמוסדות החינוך של חסידויות אלו יושבים תחת הזרם הממלכתי-דתי - אולם לפי הגדרות המל"ג אינם נחשבים לחרדים, כפי שפורסם השבוע בהרחבה ב"כיכר השבת".
יו"ר המכון החרדי, אלי פלאי, מציין במסמך התגובה למל"ג כי "מניעת האפשרות מבעלי תשובה להשתמש במסגרות הקיימות המקיימות את תנאי ההפרדה הנדרשים מצמצמת את יכולתה של קבוצה זו לרכוש השכלה גבוהה ומעמידה בסימן שאלה את רצונה של המועצה להשכלה גבוהה לאפשר לה לעשות זאת".
במכון החרדי מציינים כי גם במסגרת מחקר ההערכה המקדים שבוצע ועל בסיס המלצותיו נכתבו עקרונות מסמך המדיניות, הומלץ להקפיד על שוליים של 10% שיספקו את האפשרות למתן מענה עבור מקרי הקצה, אך בטיוטת עקרונות המדיניות לא אומצה המלצה זו. "אתגר זה", הם מוסיפים, "מצדיק חיפוש אחר פתרון ייחודי לקבוצה זאת. מתווה הפתרון יתייחס לצורך לאזן בין העקרון לפיו יש להגביל את התקצוב למי שאיננו עומד בשילוב שבין שני סוגי הפערים, לבין הצורך להיענות לפער החברתי-תרבותי של קבוצת בעלי התשובה המבקשים להשתייך לציבור החרדי בכל מאודם, מתוך הכרה בחשיבותה של השכלה אקדמית גם בקרב ציבור זה".