לאחר שדיווחי עמותת ישיבת "נתיבות התורה" בירושלים על מספר התלמידים והאברכים הלומדים בה לא תאמו את מספר התלמידים בפועל, יאלצו מנהלי העמותה, לשלם 450 אלף שקל לקופת הפירוק של העמותה.
במהלך ביקורת שערך משרד החינוך העמותה נמצא כי מספר התלמידים שלומדים במקום בפועל לא תואם את מספר התלמידים כפי שדיווחה העמותה ועל סמך דיווחיה קיבלה כספי תמיכה ממשרד החינוך.
בעקבות הממצאים הללו ולנוכח אי סדרים נוספים שהתגלו, פנה רשם העמותות לבית המשפט בבקשה לפירוק העמותה.
העמותה הביעה בתחילה התנגדות להליך הפירוק ובית המשפט המחוזי אף קיבל עמדתה. אך בעקבות ערעור רשם העמותות על החלטת המחוזי, קבע בית המשפט העליון ביולי 2014, כי יש ליתן צו לפירוק העמותה.
בעקבות קביעת בית המשפט העליון, עו"ד אמיר פלמר, מונה כמנהל המיוחד של העמותה.
המנהל המיוחד הגיש בקשה לחיוב אישי של נושאי משרה בעמותה וטען כי על נושאי המשרה האחריות לדיווחי הכזב ולניהול העמותה בתרמית ועליהם לשאת בתשלומי חובותיה.
בית המשפט המחוזי ירושלים קבע ביום שישי האחרון (26 בפברואר) כי ארבעה נושאי משרה בעמותת "ישיבת נתיבות התורה ירושלים", כשמה, ישלמו סך כולל של 450,276 שקלים לקופת הפירוק של העמותה.
לאחר מתן פסק הדין, נחתם הסכם פשרה בין המנהל המיוחד ובין אברהם גולדיש, אחד מנושאי המשרה בעמותה שנגדם ניתן פסק הדין ומי שהיה מורשה חתימה מטעם העמותה, ראש הישיבה, מנהלה, גיזברה והרוח החיה בה.
בהסכם הפשרה, שאושר על ידי בית המשפט, נקבע כי גולדיש יטול על עצמו לפרוע את מלוא סכום החוב, גם בשם שאר נושאי המשרה שנגדם ניתן פסק הדין, תוך פריסת סכום החוב לתשלומים.
יצוין כי משרד החינוך הינו הנושה העיקרי של העמותה ותוצאות הליך זה יאפשרו את פירעון מרבית החוב.