מינויה של הרבנית בורנשטיין למנהלת "סמינר מאיר" בבני ברק על ידי מרנן ורבנן גדולי ישראל ראש הישיבה הגראי"ל שטיינמן ושר התורה הגר"ח קנייבסקי נתקל בהתנגדות מבית.
הרב שמואל מאיר שחלה ונחלש בשנים האחרונות שיגר מכתב לסגניתו הגברת חנה שטיגל בו הוא מצהיר כי הוא מתנגד בנחרצות למינוי החדש.
במכתבו כותב הרב מאיר: "אני מתנגד לכל מינוי שהוא של גב' רחל בורנשטיין (גפן) בתיכון ובסמינר".
ההתנגדות של הרב מאיר למינוי מגיעה באורח פלא למרות העובדה שהצעד נעשה בהוראת מרן הגראי"ל שטיינמן ובברכתו של מרן הגר"ח קנייבסקי.
להערכת גורמים המעורים בנעשה בציבור הליטאי מדובר בתגובה למעשה של אנשי "הפלג הירושלמי" אשר מתנגדים אף הם למינוי מאחר ובשנים האחרונות התקבלו בנות רבות המזוהות עם הפלג לסמינר היוקרתי וכעת החשש הינו שהמגמה תיעצר לאור המינוי החדש.
כזכור בעקבות העובדה שהרב מאיר נחלש החליטו גדולי הדור למנות את הרבנית בורנשטיין, רעייתו של הגאון רבי שמואל יעקב בורנשטיין כמנהלת לצידו של הרב מאיר.