כצפוי, דרעי נשאר יושב ראש ש"ס: לאחר שהתפטר מתפקידו כחבר כנסת, נשיא מועצת חכמי התורה של ש"ס הורה לאריה דרעי להישאר בתפקידו כיושב ראש ש"ס.
במכתב ששלח הגר"ש כהן לדרעי הוא כותב לו כי: "הנני בזה, לאחר שקבלתי בצער רב את מכתבך בישיבת מועצת חכמי התורה וגם אמרת לי את דעתך בעניין שליחותך בתנועה. בהיות והייתי מצוי בתוך ימי השבעה על אחותי ע"ה התעכבתי מלהשיב לך וגם שקלתי היטב בעניין ובפרט את עניין חילול כבוד התורה של מרן רבינו עובדיה יוסף זצ"ל ואני אומר לך, עלי קללתך בני".
"אין לך שום אחריות לזה וכל אחריות שהיא בעניין זה מוטלת על מועצת חכמי התורה בלבד, אל תירא ואל תחת, על האיש הירא ורך הלבב נאמר ילך וישוב לבית ואל ימס את לבב אחיו וב"ה ראינו שאתה מנהיג את התנועה ביד רמה וללא מורא".
הרב שלום כהן מוסיף ומשבח את עבודתו של דרעי וכותב כי "בפרט בתקופה זו שזכינו בין היתר הודות לפעילותך שעברה ממשלת זדון מן הארץ כאשר היינו עדים לרדיפה של כל דבר שבקדושה וזעקת אביונים יתומים ואלמנות עלתה אל האלוקים".
הגר"ש כהן פוסק לדרעי: "לכן, אין לך בשום אופן רשות ללכת והנני מורה לך לשוב להנהיג את התנועה הקדושה אשר כולה קודש וכל מטרתה להרבות כבוד שמים, לשמוע זעקת אביון ולהרבות תורה בעם ישראל".
"זכות מסירות הנפש שלך ודאגתך להרבות כבוד שמים בוודאי תעמוד לך ולמשפחתך ויקויים בך ויגדל האיש וילך הלוך וגדל עד כי גדל מאד, יאריך ימים על ממלכתו ויגביה ה' כוכב מערכתו תרב גדולתו להגדיל תורה ולהאדירה אכי"ר".