במהלך שיעור שנשא בבית מדרשו מחה בחריפות הראשל"צ הגאון רבי יצחק יוסף על דבריו של חבר הכנסת אלעזר שטרן (התנועה) נגד רבה של העיר צפת, הרב שמואל אליהו.
"סופו הוכיח על תחילתו" אמר הראשון לציון, "זה מתחיל בחוק הגיור שהוא מנסה לחוקק כנגד הרבנות הראשית במסווה של חיזוק שירותי הדת ונגמר כעת בזלזול רבנים חשובים".
"התבטאות כמו זו שנשמעה אם אכן נאמרה, אסור לעבור עליה לסדר היום, כבודם של רבני ישראל ניתן למרמס וחובה מוטלת על כל אחד ואחד למחות".
כזכור, דבריו של שטרן כנגד הרב אליהו עוררו סערה גדולה בציונות הדתית. במהלך ראיון ל'גלי ישראל' כינה שטרן את הרב שמואל אליהו: "שמוליק אליהו. סטודנט לגמרא".
שטרן, איש הציונות הדתית וחובש כיפה סרוגה, התנצל לאחר מכן על שזלזל ופגע בכבודו של אחד ממנהיגי הציונות הדתית. "יש לי מחלוקות עקרוניות ואידאולוגיות עם חלק מרבני הציונות הדתית", אמר שטרן בתגובה ל"כיכר השבת". "לצערי הרב חלקם תקפו ותוקפים אותי במילים קשות תוך כדי פרסום דברים שאינם אמת".
"בכל המסגרות שהייתי בהן, בצה"ל ובמערכת הפוליטית, לא נמנעתי מלמתוח ביקורת גם כאשר היא הייתה נוקבת מאוד", אמר שטרן והתנצל על דבריו, "לצערי הרב לעיתים רחוקות מאוד נפגעו מכך אנשים באופן אישי. כיוון שהובא לידיעתי שהרב אליהו נעלב מדבריי הבוקר אני מתנצל עליהם".