בכירי תנועת ש"ס מתגאים לא אחת בחינוך התורני של התנועה, הפועל תחת רשת "מעיין החינוך התורני", וטוענים כי מוסדותיהם הם ממערכות החינוך המובילות בארץ עם ציונים גבוהים והמוסדות היחידים שלומדים את לימודי הליב"ה.
אך מתוצאות הבדיקות של מבחני המיצ"ב עולה כי תוצאות המבחנים של כמחצית ממוסדות החינוך של ש"ס נמצאים בתחתית רשימות בתי הספר בארץ, זאת למרות שבמוסדות לא לומדים אנגלית ומדעים.
בנתונים שמפרסם משרד החינוך, נכללים הציונים של 106 בתי הספר היסודיים של הרשת שתלמידיהם נבחנו במיצ"ב, 59 בתי ספר בשנת 2012, 43 בתי ספר בשנת 2012 ורק 4 בתי ספר בשנת 2014, כך מדווח העיתונאי קובי נחשוני ב - ynet.
מניתוח התוצאות של המיצ"ב עולה כי 55 מוסדות של ש"ס, שהם 52 אחוזים מבתי הספר ברשת מעיין החינוך התורני, זכו לדירוגים הנמוכים ביותר במדד הארצי מבחינת ההישגים הלימודיים.
על פי התוצאות, 55 המוסדות קבלו את הציונים 10, 15 ו-20.
דרעי: "95% מהתלמידים ברשת של ש"ס לומדים 100% לימודי ליבה"
ולעומת אותם בתי הספר, רק חמישה בתי ספר בלבד מרשת מעיין החינוך התורני של ש"ס נמצאים בצמרת הציונים הגבוהים עם ציונים של 80 ו-100.
43% מבתי הספר של ש"ס דורגו במרכז טבלת הציונים כאשר התלמידים קבלו ציונים של בין 25 ל-75.
אמיר וינשטוק, ממייסדי מדלן שביצעו את הבדיקה, אמר ל-ynet כי "היכולת לפקח על רמת הידע של תלמידי המוסדות החרדים במקצועות הליב"ה מוגבלת, שכן בבחינות המיצ"ב השתתפו רק רבע מבתי הספר היסודיים במגזר ואף לא חטיבת ביניים אחת. אלה שנבחנו זכו כאמור לפטור ממדעים ואנגלית והם לא נשאלו על אווירת הלימודים במוסד".
בתי הספר המובילים בציונים גבוהים ב'מעיין החינוך התורני" של ש"ס הם: בית הספר לבנות 'אוהל משה' עם מדד של 100, 'אילת השחר' גם הוא עם מדד של 100. אחריהם "אמונת ציון" בירושלים, תלמוד תורה "משנת יהודה" ו"בית מרגלית" שבביתר עילית (ציון 80).