הרב שמואל אליהו שוב מסתבך באמירה בעייתית? בתשובה לשאלה שנשאל בתכנית רדיו, אמר רבה של העיר צפת ששמו הוזכר כמי שעתיד להתמודד לתפקיד רבה של ירושלים כי לשחקני כדורגל ערביים בהר הבית יש פחות רגישות מאשר לבעלי חיים.
הרב אליהו, נשאל על ידי מאזינה בתכנית ששודרה בתחנת הרדיו "גלי ישראל" האם ניתן לעלות לשטח הרב הבית כשברשותה תיק עם חפצי חולים.
לאחר שענה על השאלה ההלכתית ואמר כי ההגדרה "הר הבית" איננה כוללת בתוכה את כל השטח בהר, תקף הרב אליהו את משחקי הכדורגל שעורכים ערבים בהר הבית לעתים: "בואי נאמר שזה הרבה יותר כבוד מאשר משחקי הכדורגל הערביים בלי שום טיפת רגישות ובושה".
"אני לא מבין" הוסיף הרב אליהו, "אפילו בעלי חיים היו מרגישים רגישות במקום הזה והיו נוהגים בקדושה. הם, שום רגישות אין להם" אמר.
לאחרונה, תקפו גורמים בשמאל את כוונתו לכאורה של הרב אליהו להתמודד לתפקיד רבה הראשי של ירושלים, ח"כ עיסאוי פריג' ממר"צ פנה אף ליועץ המשפטי לממשלה בכדי שיפסול את מועמדותו הצפויה של הרב אליהו לתפקיד.
"פעל כדי למנוע את הבושה ואת האפשרות שגזען חשוך, לא רק שלא יפוטר מתפקידו בשירות המדינה, אלא יקודם לתפקיד רבה של בירת מדינת ישראל" כתב פריג' ליועץ המשפטי לממשלה.
בעבר, כשניסה להתמודד לתפקיד הרב הראשי לישראל, נתקל הרב שמואל אליהו בהתנגדויות רבות מצד אנשי שמאל ומרכז, אז, שלח מכתב ליועץ המשפטי לממשלה בו טען כי חלק מהציטוטים שיוחסו לו אינם נכונים: "בצער קיבלתי את אסופת הציטוטים המיוחסים לי ובהם מופיעים ציטוטים לא מעטים המהווים מחזור מגמתי של נושאים שונים שכבר הועלו לסדר היום וירדו. חלקם כלל לא נאמר על ידי מעולם וחלקם נאמר בהקשרים אשר הוקצנו והוצגו במנותק מההקשר התורני שבו נאמרו".
הרב אליהו טען במכתבו כי בשל מעמדו יש לציבור ולתקשורת עניין בציטוט דבריו. "וודאי שאיני יכול לקחת אחריות על כל פרסום שנעשה לכאורה בשמי, במיוחד כשיש מי שמנסה להציג אותי באור שלילי".