בספר שמות מתואר בפרוטרוט מלאכת עשיית ארון הברית זהו הכלי המקודש ביותר שהיה במשכן ומאוחר יותר גם בבית המקדש לפנים מן הפרוכות בתוך קודש הקודשים. מטרת ארון הברית היא לתכלית נעלה מעין כמותה: וְנוֹעַדְתִּי לְךָ שָׁם וְדִבַּרְתִּי אִתְּךָ מֵעַל הַכַּפֹּרֶת מִבֵּין שְׁנֵי הַכְּרֻבִים אֲשֶׁר עַל אֲרוֹן הָעֵדֻת אֵת כָּל אֲשֶׁר אֲצַוֶּה אוֹתְךָ אֶל בְּנֵי יִשְׂרָאֵל.
שם משה רבנו היה שומע את קול ה' מדבר אליו ומשם תצא הוראה לישראל מפי הגבורה.
ארון הברית טרם נעלם
ארון הברית נבנה ע"י בצלאל בן חורי ונדד עם ישראל במדבר עד לכניסתם לארץ ומשם לבית אל ומשם למשכן שילה שם נשבה ע"י פלישתים ומשם הושב לבית-שמש ומשם לבית אבינידב בקריית יערים ומשם דוד העלה אותו לירושלים. ושלמה הניחו בקודש הקודשים שבבית המקדש.
הדעות אודות מקום הארון
האפשרות הראשונה למיקומו של ארון הברית אנו מוצאים במסכת יומא לדעת רבי יהודה ארון הברית נותר במקומו, בקודש הקודשים, ושעמד הבית הראשון להיחרב נטמן במחילות תת-קרקעיות המצויות תחתיו. הרמב"ם מספר: 'אבן הייתה בקדש קדשים במערבו, שעליה היה הארון מונח ולפניו צנצנת המן ומטה אהרן. בעת שבנה שלמה את הבית וידע שסופו להיחרב, בנה בו מקום לגנוז בו את הארון, למטה במטמוניות עמוקות ועקלקלות.
כיום רוב החקורים מזהים את אותם מחילות עם בור הרוחות הוא אותה מערה שנמצאת באבן השתייה בתוך מבנה כיפת הסלע. או בחללים אחרים שתחת אבן השתייה. בצאחרה חצובה מערה אליה יורדות 14 מדרגות, ברצפת המערה באבן השתיה קבוע לוח שיש עגול. לפי המסופר מונח על פי מערה אחרת הנמצאת למטה ממנה. והיא, נסתרת במעמקי האדמה. כל הרוקע ברגלו על לוח השיש שומע הד עמום מחלל המערה. הערבים קוראים לה: בּיר אלאַרוּאח – באר הרוחות, הנשמות. לדבריהם מתאספות פה נשמות המתים לתפילה.
האגדה מספרת, כי במערה זו גנוזים אוצרות בית המקדש וכל מי שהיה יורד אליה, מיד מת, ולפיכך סתמוה. הרדב"ז שחי במאה השש־עשרה, בירושלים, מספר: ‘יש תחת הכיפה (כיפת הסלע – מסגד עומר) מערה שהמלכים הראשונים שלשלו בני־אדם לתוכה ומתו וסגרו אותה ומלאוה עפר’.
נלקח ע"י נבוכדנצר לבבל
דעה נוספות היא לפי שיטת ר"א ורשב"י שארון הברית נלקח בשבי ע"י נבוכדנצר לבבל את מסקנתם הם לומדים מן הפסוק מהפסוק בספר דברי הימים המספר על גלות יהויכין: "ולְִתְשׁובַּת הַשָּׁנהָ שָׁלַח הַמֶּלֶך נבְוכַּדְנאֶצַרּ ויַבְִאֵהו בָבֶלָה עִם כְלֵּי חֶמְדַתּ בֵּית ה' ואיזה כלי חמדה חשוב ומשמעותי יותר מארון הברית היה קיים במקדש?
נטמן בדיר העצים
אפשרות נוספות לאשר עלה בגורלו של ארון הברית מוזכרת במסכת שקלים ושם נאמר שארון הברית הוא בלשכה הצפון-מזרחית שבעשרת נשים בבית המקדש.
בשלוש עשרה מקומות במקדש היו משתחווים אולם היו שהוסיפו עוד השתחוויה האחת מול לשכת העצים
של בית רבן גמליאל ושל בית רבי חנניה סגן הכוהנים היו משתחווים ארבע עשרה. והיכן הייתה יתרה? כנגד דיר העצים, שכן מסורת בידם מאבותיהם ששם הארון נגנז: מעשה בכהן אחד שהיה מתעסק וראה הרצפה שהיא משונה מחברותיה. בא ואמר לחברו ולא הספיק לגמור את הדבר עד שיצאה נשמתו וידעו בייחוד ששם הארון נגנז. תני רבי הושעיה: הקיש בקורנס (פטיש) ויצאה אש ושרפתו'.
אותו כהן היה עמל לבער את התולעים מעצי המערכה זיהה לפתע שריצפת השלכת העצים אינה סודרה וישרה ושילם על כך בחייו . כיום מזהים את מקום לשכת העצים באזור המזרחי של הר הבית בה נטועה חורשת זיתים.
נגנז בידי ירמיהו
עוד השערה על מקום היגנזו של ארון הברית נמצאת בספר חשמונאים ב' שם נאמר שארון הברית נגנז בידי ירמיהו בהר נבו.
ויהי בבואם ההרה אשר עלה עליו משה לראות את הארץ, וימצא ירמיהו שם מערה וייסתר בה את האוהל ואת הארון ואת מזבח הקטורת, ויסתום את פיה: ומקצת האנשים אשר הלכו אתו בקשו לעשות להם אות, וילאו למצוא את המערה: וישמע ירמיהו ויגער בם ויאמר, אל ידע איש את המקום, עד אשר יקבץ ה' את עמו ונתן להם רחמים: אז יגלה ה' את המקום, וכבוד ה' יופיע בענן, כאשר היה בימי משה ובימי שלמה בהתחננו אל ה' לקדשו.
ויש שהביאו לכך סימוכין מן הפסוק מפורש בספר ירמיהו בהקשר של ארון הברית, שם נכתב שהארון איננו עתיד לחזור ולהתגלות: "והְָיהָ כִיּ תִרְבּוּ ופְּרִיתֶם בָּאָרֶץ בַּימִָּים הָהֵמָּה נאְֻם ה' לֹא יֹאמְרו עוֹד אֲרוֹן בְּרִית ה' ולְֹא יעֲַלֶה עַל לֵב ולְֹא יִזכְְרּו בוֹ ולְֹא יִפְקֹדו ולְֹא יעֵָשֶׂה עוֹד.
הקב"ה מחזירן למקומן
במשך השנים נסו רבים לאתר את מקומו אך לפי המדרש נראה שחבל על הזמן שלהם ושל כמותם וזה לשון המדרש רבה:
ולפיכך כשחרב ביהמ"ק נגנזה המנורה, וזה אחד מחמשה דברים שנגנז: הארון, והמנורה, והאש, ורוח הקדש, והכרובים. וכשישוב הקב"ה ברחמיו ויבנה ביתו והיכלו הוא מחזירן למקומן לשמח את ירושלים שנא' "יְשֻׂשׂוּם מִדְבָּר וְצִיָּה וְתָגֵל עֲרָבָה וְתִפְרַח כַּחֲבַצָּלֶת. פָּרֹחַ תִּפְרַח וְתָגֵל".